未办理营业执照开业，通常会被责令整改，但并非一定会被没收违法所得，具体需视情节轻重及地方规定而定。以下从不同角度进行分析：

1. 行政处罚的种类与依据
   根据《无证无照经营查处办法》（国务院令第684号），未依法取得营业执照从事经营活动的，由市场监管部门责令停止违法行为，没收违法所得，并处1万元以下罚款。但需注意：
   

• 例外情形：若经营行为属于“无需办理营业执照即可开展”的（如个人销售自产农副产品、家庭手工业产品等），则不构成违法，不会被处罚。
  
• 情节轻重：若经营者主动配合整改、未造成危害后果，可能仅被责令整改而免于罚款或没收；若拒不改正或存在欺诈、危害公共安全等严重情节，则可能面临更严厉处罚。

1. 地方性规定的差异
   部分地区可能出台细化规则，例如：
   

• 某些城市对首次无照经营且情节轻微的，采取“首违不罚”或“限期整改+警告”措施；
  
• 涉及食品、药品、危险化学品等特殊行业的，可能直接没收违法所得并顶格罚款。

1. 实务建议
   

• 立即整改：若已开展无照经营，应第一时间停止营业，并尽快办理营业执照（可通过当地政务服务网或市场监管部门窗口申请）；
  
• 配合调查：若已被查处，需积极配合提供经营记录、成本凭证等材料，争取从轻处理；
  
• 法律风险防范：长期经营需确保资质齐全，避免因无照经营被列入“经营异常名录”，影响信用记录。

总结：无照经营的法律后果需结合具体情节判断，但“责令整改”是常规流程，“没收违法所得”并非必然。若您遇到此类问题，可直接向我咨询具体应对方案。