确认2006年劳动关系的法律依据主要来源于《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，以及相关的司法解释和部门规章。以下是对这些法律依据的详细解释：
一、《中华人民共和国劳动法》的相关规定
第十六条：劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。建立劳动关系应当订立劳动合同。这一条款明确了劳动合同在确立劳动关系中的核心作用，即签订书面劳动合同是确认劳动关系的重要依据。虽然该法条并未直接提及2006年的具体情况，但其原则性规定同样适用于2006年劳动关系的确认。
第十九条：劳动合同应当以书面形式订立，并具备劳动合同期限、工作内容、劳动保护和劳动条件、劳动报酬、劳动纪律、劳动合同终止的条件、违反劳动合同的责任等必备条款。这些条款涵盖了劳动关系的主要方面，通过审查劳动合同的内容可以确定双方的权利义务关系，对于确认2006年的劳动关系同样具有指导意义。
二、《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定
第七条：用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。用人单位应当建立职工名册备查。这一条款直接规定了劳动关系建立的时间点，即从实际用工开始，无论是否签订劳动合同，只要存在用工事实，就视为建立了劳动关系。这一规定对于确认2006年的劳动关系尤为重要，因为它明确了实际用工是劳动关系建立的关键。
第十条：建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。这一条款进一步强调了书面劳动合同的重要性，并对未及时签订书面合同的情况进行了规范。虽然它并未直接提及2006年，但同样适用于该年份劳动关系的确认。
三、相关司法解释和部门规章
《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号）：该通知详细列举了用人单位招用劳动者未订立书面劳动合同时，劳动关系成立的三个条件，包括主体资格合法性、劳动规章制度适用性、劳动的有报酬性及业务组成部分性。同时，该通知还提供了在未签订劳动合同情况下认定劳动关系时可参照的五类凭证，如工资支付凭证、社会保险费缴纳记录、身份证明证件、招工招聘登记表、考勤记录及其他劳动者的证言等。这些规定和凭证对于确认2006年的劳动关系具有直接的指导作用。
《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》：虽然该解释可能并未直接提及2006年的具体情况，但其对于劳动争议案件的处理原则和方法同样适用于确认2006年的劳动关系。例如，该解释中关于用人单位负举证责任的规定，有助于保护劳动者权益和准确认定劳动关系。
四、实际操作中的注意事项
在确认2006年劳动关系时，除了依据上述法律法规外，还需要注意以下几点：
收集证据：尽可能收集与劳动关系相关的证据，如工资支付凭证、工作证、服务证、招工招聘登记表、考勤记录等。这些证据将有助于证明劳动关系的存在。
考虑历史背景：2006年的劳动法律法规和司法实践可能与现在有所不同。在确认劳动关系时，需要考虑到当时的历史背景和法律环境。
咨询专业律师：如果遇到复杂的劳动关系确认问题，建议咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
综上所述，确认2006年劳动关系的法律依据主要来源于《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及相关的司法解释和部门规章。在实际操作中，应综合运用这些法律依据，结合具体情况来准确判断劳动关系的存在与否。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。