结论：掩隐罪案件在公安已移交检察院后，仍然可以提出证据存疑的主张，但需结合具体证据情况和案件阶段来分析。
分析说明：
证据存疑的提出时机：
- 在刑事诉讼的任何阶段，包括公安侦查阶段、检察院审查起诉阶段以及法院审判阶段，被告人或辩护人均有权对证据的合法性、真实性、关联性提出质疑。
- 公安移交检察院仅表示案件已进入审查起诉阶段，此时检察院将对案件进行全面审查，包括证据的充分性和合法性。因此，在此阶段提出证据存疑是完全可行的。
提出证据存疑的方式：
- 通过辩护律师提出：被告人可以委托辩护律师，由律师在审查起诉阶段向检察院提交书面辩护意见，指出证据存在的问题，如证据收集程序违法、证据内容不真实、证据与案件事实无关联等。
- 在审查起诉阶段的听证或询问中提出：检察院在审查起诉过程中，可能会组织听证或询问被告人、证人等，此时被告人或其辩护律师可以直接在听证或询问中提出证据存疑的主张。
证据存疑的法律后果：
- 如果检察院认为证据确实存在疑问，且该疑问足以影响案件的定罪量刑，检察院可能会要求公安补充侦查，或者自行进行补充侦查，以进一步查清事实。
- 如果证据疑问无法消除，且该证据对案件定罪量刑有重要影响，检察院可能会作出不起诉决定，或者将案件退回公安，建议公安撤销案件。
- 在法院审判阶段，如果被告人或辩护律师提出证据存疑，且法院认为该疑问成立，法院可能会依法排除该证据，或者根据其他证据情况作出无罪判决或罪轻判决。
行动建议：
- 及时委托辩护律师：如果被告人认为案件证据存在疑问，应及时委托专业辩护律师，以便在审查起诉阶段及时提出证据存疑的主张。
- 积极配合律师工作：被告人应积极配合律师的工作，向律师提供所有与案件相关的信息，以便律师更好地了解案情，提出有针对性的辩护意见。
- 关注案件进展：被告人应密切关注案件的进展情况，及时了解检察院的审查意见和法院的审判结果，以便及时采取应对措施。
法律依据：
- 《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十五条：对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。证据确实、充分，应当符合以下条件：（一）定罪量刑的事实都有证据证明；（二）据以定案的证据均经法定程序查证属实；（三）综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。
- 《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条：人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
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