甲方一般不可以直接跟实际施工人签协议，但在特定情况下可以。以下从不同角度进行分析：
一、常规情况下，甲方不宜直接与实际施工人签协议
在建设工程合同关系中，通常存在发包人（甲方）、承包人（如总承包单位或专业承包单位）以及实际施工人（如转包、违法分包中的实际完成工程建设的个人或组织）等主体。从合同相对性原则出发，甲方与承包人签订建设工程合同，双方应按照合同约定履行各自义务。实际施工人并非该合同的直接当事人，若甲方直接与实际施工人签订协议，可能会破坏原有的合同关系和工程管理体系，引发一系列法律问题。
例如，若甲方与实际施工人签订了关于工程价款、工期、质量等方面的协议，而该协议与甲方和承包人签订的合同内容存在冲突，那么在实际履行过程中就可能产生纠纷。此外，这种做法还可能损害承包人的合法权益，如承包人可能因甲方与实际施工人的直接协议而无法按照原合同约定获得相应的工程款或管理费等。
二、特定情况下，甲方可以与实际施工人签协议
尽管在常规情况下甲方不宜直接与实际施工人签协议，但在某些特定情况下，这种做法是可行的。具体来说，主要包括以下几种情形：
承包人同意或授权：如果承包人明确同意或授权甲方与实际施工人签订协议，且该协议内容不违反法律法规的强制性规定和原合同的约定，那么甲方可以与实际施工人签订协议。这种情况下，协议的签订是基于承包人的同意或授权，因此不会破坏原有的合同关系和工程管理体系。
实际施工人具备相应资质和条件：如果实际施工人具备相应的施工资质和条件，且甲方认为直接与其签订协议更有利于工程的顺利进行和质量的保障，那么在符合法律法规和原合同约定的前提下，甲方也可以考虑与实际施工人签订协议。但需要注意的是，这种情况下甲方应谨慎审查实际施工人的资质和条件，确保其具备完成工程的能力和信誉。
法律、行政法规另有规定：在某些特定情况下，法律、行政法规可能对甲方与实际施工人的关系作出特别规定。例如，在某些政府投资或公益性建设项目中，为了保障工程质量和进度，法律可能允许甲方直接与实际施工人签订协议。但这种情况较为特殊，且需要严格遵守相关法律法规的规定。
三、法律风险提示
如果甲方未经承包人同意或授权，擅自与实际施工人签订协议，可能会面临以下法律风险：
合同无效风险：如果甲方与实际施工人签订的协议违反了法律法规的强制性规定或原合同的约定，那么该协议可能被认定为无效合同。这将导致甲方无法依据该协议主张权利或要求实际施工人履行义务。
违约责任风险：如果甲方与实际施工人签订的协议导致承包人无法按照原合同约定履行义务或遭受损失，那么甲方可能需要对承包人承担违约责任或赔偿责任。
工程质量风险：如果实际施工人不具备相应的施工资质和条件，或者甲方未能对其施工过程进行有效监督和管理，那么工程质量可能无法得到保障。这将给甲方带来严重的经济损失和声誉损害。
因此，在建设工程合同关系中，甲方应谨慎处理与实际施工人的关系，尽量避免直接与其签订协议。如果确实需要签订协议，应确保符合法律法规和原合同的约定，并充分保障承包人的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。