关于逾期三年还款是否先抵扣本金的问题，结论是：这并非绝对，而是取决于贷款合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度为您详细分析：

一、合同约定优先

1. 合同条款：首先，您需要查看贷款合同中关于逾期还款处理的具体条款。有些合同可能明确规定，在逾期还款的情况下，还款金额将首先用于抵扣本金；而有些合同则可能规定，还款金额将首先用于抵扣利息、罚息或其他费用。因此，合同中的具体约定是判断还款顺序的首要依据。

2. 合同解释：如果合同中的条款存在模糊或不明确之处，您可能需要依据《中华人民共和国民法典》中关于合同解释的规定，结合合同的目的、交易习惯以及诚实信用原则等，对合同条款进行合理解释。

二、法律法规规定

1. 一般原则：在缺乏合同具体约定的情况下，根据《中华人民共和国民法典》及相关金融法规的原则，贷款机构在处理逾期还款时，通常会按照一定的顺序进行抵扣，这可能包括利息、罚息、违约金等费用，最后才是本金。但这一顺序并非绝对，具体还需根据贷款类型、贷款机构政策以及相关法律法规的具体规定来确定。

2. 特殊规定：对于某些特定类型的贷款（如住房公积金贷款、个人住房商业性贷款等），可能存在专门的法律法规或政策文件对逾期还款的处理顺序作出明确规定。因此，在处理此类贷款逾期问题时，您还需要查阅并遵循这些特殊规定。

三、实际操作建议

1. 与贷款机构沟通：如果您对贷款合同中的还款顺序存在疑问或不满，建议您首先与贷款机构进行沟通，了解其具体的还款处理政策和流程。通过沟通，您可能能够达成更合理的还款安排。

2. 寻求法律援助：如果您认为贷款机构的还款处理方式存在违法或不当之处，且无法通过沟通解决争议，您可以考虑寻求法律援助。作为专业律师，我可以根据您的具体情况，为您提供法律咨询和诉讼代理服务，帮助您维护自身合法权益。

四、可能后果

1. 信用记录受损：无论还款顺序如何，逾期还款都会对您的信用记录造成负面影响。这可能导致您在未来申请贷款、信用卡等金融服务时遇到困难。

2. 额外费用增加：逾期还款还可能导致您需要支付额外的罚息、违约金等费用，增加您的还款负担。

综上所述，逾期三年还款是否先抵扣本金并非一个简单的问题，它取决于贷款合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。因此，在处理此类问题时，建议您首先仔细阅读贷款合同条款，了解相关法律法规和政策文件的规定，并与贷款机构进行充分沟通。如有需要，您可以随时向我咨询相关法律问题，我将竭诚为您提供专业、全面的法律服务。