合同中规定有返利条款时，印花税的计算需根据返利是否影响合同金额来确定，具体分为以下两种情况：

1. 返利不影响合同初始金额
   若返利条款属于合同履行后的奖励或折扣（例如销售返利、业绩奖励），且合同签订时已明确约定初始交易金额，则印花税应按照合同初始记载的金额计算缴纳。返利部分不追溯调整印花税，因为印花税的计税依据是合同签订时确定的金额，后续返利属于合同履行中的经济利益调整，不影响初始计税基础。
   法律依据：根据《中华人民共和国印花税法》第五条，印花税的计税依据为合同所列金额，不包括列明的增值税税款。若返利未在合同中体现为金额减少，则无需调整。

2. 返利导致合同金额减少或需补缴
   若返利条款直接关联合同金额（例如合同约定“根据实际返利比例调整最终结算金额”），且返利导致合同实际履行金额低于初始记载金额，则需分情况处理：

   • 已贴花合同：若合同已按初始金额贴花，后续因返利减少金额的，已缴纳的印花税不予退还或抵扣（依据《印花税税目税率表》注释，多贴印花税票不得申请退税或抵用）。
     
   • 未贴花合同：若返利条款在合同签订时已明确可能减少金额（如“最终结算价=合同价-返利”），则应按预计可能发生的最低金额计税贴花；若无法预估，则按初始金额计税，后续实际金额减少时同样不予退税。
     例外情形：若返利属于合同变更导致金额增加（如追加订单），则需就增加部分补缴印花税。

实务建议：

• 合同签订时，建议明确返利条款是否影响计税金额，并在合同中单独列明返利计算方式，避免歧义。
  
• 若返利可能大幅减少合同金额，可考虑分阶段签订合同（如先签框架协议，再签补充协议），以降低印花税成本。
  
• 涉及跨境交易或复杂返利安排时，需结合税法及双边税收协定综合判断。
  

如有具体合同条款或返利模式需要分析，可直接向我提供细节，我会进一步结合税法规定为您解读。