合同签一次但结算两次印花税的计算，需根据具体情形确定是否重复计税及计税依据，具体分析如下：

1. 若两次结算属于同一合同项下的分期履行，且合同已一次性贴花，则无需重复缴纳印花税
   根据《印花税暂行条例》及实施细则，同一应税凭证（如合同）已贴花的，后续因履行合同产生的分期结算、补充协议等，若未增加合同金额或变更合同性质，无需重复贴花。例如：甲乙签订100万元的买卖合同并贴花，后续分两次结算（每次50万元），因合同总金额未变，无需再次缴纳印花税。

2. 若两次结算涉及合同金额的增加或合同性质的变更，需对新增部分补缴印花税

   • 金额增加：若合同履行中通过补充协议增加金额（如原合同100万元，补充协议增加20万元），需对新增的20万元按适用税率补缴印花税。
     
   • 性质变更：若合同从非应税合同变为应税合同（如原为赠与合同，后变更为买卖合同），需对变更后的合同全额贴花。
     法律依据：《印花税暂行条例》第八条、第九条明确，已贴花的凭证修改后金额增加的，应补贴印花；合同性质变更导致税目变化的，需重新贴花。

3. 若两次结算是因合同解除后重新签订新合同，需按新合同金额全额贴花
   例如：原合同因故解除，双方重新签订一份新合同，即使内容与原合同相似，也需按新合同金额独立计算印花税，与原合同无关。

操作建议：

• 保留合同原件、补充协议及结算凭证，以证明是否属于同一合同或金额变更；
  
• 若涉及补缴，需在书立或领受时（如签订补充协议时）完成贴花，避免滞纳金；
  
• 对复杂情形（如跨期结算、合同拆分），建议梳理时间线及金额变化，明确计税节点。
  

如有具体合同或结算细节需进一步分析，可直接向我提供更多信息。