若企业合作协议被认定为无效，拆迁款的分配通常不应再按照原协议办理，但具体处理方式需结合实际情况和法律规定综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

协议无效的法律后果

根据《民法典》的相关规定，无效的民事法律行为自始没有法律约束力。这意味着，一旦企业合作协议被认定为无效，协议中关于拆迁款分配的条款也自然无效，双方不能依据该无效条款来主张权利或履行义务。

拆迁款分配的原则

在协议无效的情况下，拆迁款的分配应遵循以下原则：

1. 公平原则：双方应基于公平原则，根据各自的投入、贡献以及实际损失等因素，协商确定拆迁款的分配方案。如果无法协商一致，可以请求人民法院或仲裁机构进行裁决。
2. 实际履行情况：如果双方在协议无效前已经部分履行了协议，如一方已经支付了部分款项或进行了部分投入，那么在分配拆迁款时，应考虑这些实际履行情况，确保分配的公平性和合理性。
3. 过错责任：如果协议无效是由于一方的过错导致的，如欺诈、胁迫等，那么过错方应承担相应的责任，可能在拆迁款分配上受到一定的限制或惩罚。

具体处理方式

1. 协商分配：双方可以首先尝试通过协商的方式，根据上述原则确定拆迁款的分配方案。这种方式灵活、高效，有助于维护双方的合作关系和利益。
2. 诉讼或仲裁：如果协商不成，双方可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁，由法院或仲裁机构根据法律规定和实际情况，作出公正的裁决。在诉讼或仲裁过程中，双方需要提供充分的证据来支持自己的主张，如合作协议、投入证明、损失证明等。

注意事项

1. 及时主张权利：在协议无效后，双方应及时主张自己的权利，避免因拖延而丧失有利时机。
2. 保留证据：双方应妥善保留与拆迁款分配相关的证据，如合作协议、支付凭证、投入证明等，以便在协商、诉讼或仲裁过程中使用。
3. 寻求专业帮助：由于拆迁款分配问题涉及复杂的法律关系和利益纠葛，双方可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。

举例说明：假设甲乙两企业签订了一份合作协议，约定共同开发一块土地并分享拆迁款。但后来因协议存在欺诈行为被认定为无效。在分配拆迁款时，双方应首先考虑各自的投入和贡献，如甲企业投入了大量资金进行土地平整和基础设施建设，而乙企业则主要负责了部分协调工作。根据公平原则，甲企业可能应获得更大比例的拆迁款。如果双方无法协商一致，可以依法向法院提起诉讼或申请仲裁，由法院或仲裁机构根据实际情况作出裁决。

建议：在处理此类问题时，建议你及时咨询专业律师，以便更准确地了解自己的权利和义务，并制定出合理的解决方案。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。