预付款保函的约定是一个涉及多方面因素的复杂过程，它主要受到《中华人民共和国民法典》、《中华人民共和国担保法》（与《民法典》不冲突部分）、金融监管及银行业相关规定，以及国际贸易及国际惯例的约束。以下是对预付款保函如何约定的详细解答：
一、法律基础与性质约定
法律基础：
- 预付款保函作为担保合同，其存在和效力首先受到《中华人民共和国民法典》的调整。根据民法典，担保合同具有从属性，即主债权债务合同无效时，担保合同亦无效（除非法律另有规定）。
- 同时，《中华人民共和国担保法》（与《民法典》不冲突部分）也明确了保函的担保方式，并规定了保证人的权利和义务。在未明确约定时，保证人通常按连带责任保证承担保证责任。
性质与定义：
- 预付款保函是由担保人（如银行）根据申请人的要求，向受益人开立的书面保证承诺。它保证在申请人未能履约或全部履约时，担保人将返还预付款。
- 在约定时，应明确保函的这一性质，并确保保函内容合法有效，符合相关法律法规的规定。
二、金额与比例约定
- 预付款保函的金额通常与合同预付款等额，但具体金额比例并非法定，而是由合同双方根据交易情况、行业惯例和风险承受能力等因素协商确定。
- 在工程领域，预付款保函的金额通常为合同金额的百分之十左右，但这仅作为参考，实际比例应根据具体情况灵活调整。
三、担保时间与责任约定
担保时间：
- 预付款保函的担保时间通常较短，一般在30~90天左右，但具体时间应根据合同约定和双方协商确定。
- 在约定担保时间时，应考虑交易周期、项目进度和风险控制等因素，确保保函在关键时期提供有效保障。
担保责任：
- 在担保期间内，如果申请人未能按照合同约定使用预付款或未能全部履约，担保人将承担返还预付款的责任。
- 为明确担保责任，保函条款中应设立相应的递减条款，即担保金额应根据预付款扣回的金额递减，以反映实际风险情况。
四、其他重要约定
有效期与退还：
- 预付款保函的有效期应明确约定，通常自预付款支付给承包人之日起至发包人签认的进度付款证书说明预付款已完全扣清之日止。
- 保函应在发包人签认的进度付款证书说明预付款已完全扣清之日后一定时间内（如14天内）退还给承包人，以避免不必要的资金占用。
金融监管与银行业规定：
- 银行开展预付款保函业务应符合相关金融监管和银行业规定，如资质要求、审批流程、风险控制等。
- 在约定保函时，应确保保函文本格式、条款内容、业务流程等符合银行业协会的相关指引和规范。
国际贸易与国际惯例：
- 如果涉及国际贸易，预付款保函可能受到《见索即付保函统一规则》（URDG）等国际惯例的约束。
- 在约定保函时，应明确是否参照国际惯例执行，并确保保函条款与国际惯例相符，以避免因理解差异而产生的纠纷。
综上所述，预付款保函的约定应综合考虑法律基础、性质、金额与比例、担保时间与责任以及其他重要因素。在签订和使用预付款保函时，双方应充分了解并明确这些关键要素，以确保保函的有效性和合法性，并维护自身合法权益。