在合同中约定开具付款保函时，需要详细、清晰地列出关键条款，以确保双方权益得到充分保障。以下是一些建议的约定内容：

一、保函出具方

首先，应明确保函的出具方。通常情况下，付款保函由承包商、供应商等履约方申请银行或其他具有担保资质的金融机构出具。在合同中，需明确出具保函的具体机构名称，并确认其具备相应的担保资质。

二、保函金额

保函金额是付款保函的核心内容之一。合同中应明确保函的具体金额，该金额通常根据合同金额的一定比例来确定，如5%、10%等。确保保函金额能够覆盖潜在的违约风险，为受益方提供足够的保障。

三、保函有效期

保函的有效期也是至关重要的。合同中应详细列出保函的起始日期和截止日期，最好精确到具体的年月日时分，以避免因时间模糊不清而引发的纠纷。同时，还应明确保函是否可以续期以及续期的具体条件。

四、保函的担保范围

保函的担保范围应详细列出，涵盖合同价款的支付、货物的交付、服务的履行等关键方面。确保保函能够全面覆盖履约方在合同中的各项义务，为受益方提供全方位的保障。

五、保函的索赔条件

合同中应明确约定在履约方出现哪些违约行为时，受益方有权向银行或担保机构索赔保函金额。例如，未按时交付货物、未完成工程进度、未支付合同价款等。同时，还应规定索赔的具体流程、所需提交的材料以及索赔期限等。

六、保函的变更和撤销规则

合同中应明确保函的变更和撤销规则。例如，在什么情况下可以变更保函内容（如增加保函金额、延长保函有效期等），以及如何撤销保函。这些规则应确保双方权益得到公平、合理的保障。

七、保函格式

最后，关于保函的格式，合同中可以约定采用银行或担保机构的标准格式，也可以双方协商定制特定格式。但无论采用哪种格式，都应确保符合相关法律法规的要求，并具备法律效力。

综上所述，通过在合同中详细约定付款保函的出具方、金额、有效期、担保范围、索赔条件、变更和撤销规则以及格式等内容，可以确保双方权益得到充分保障，避免后续可能出现的纠纷。