生态环保部行政案件办理中，证据收集辅助人员可以在其职责范围内收集证据，但需满足法定条件并遵循法定程序。具体分析如下：

1. 法律依据与职责范围
   根据《行政处罚法》第37条及《环境行政处罚办法》第23条，生态环境部门在办理行政案件时，可依法委托或指定具有相应专业知识的人员（如辅助人员）参与证据收集工作。此类人员的职责通常限于协助执法人员完成技术性、事务性任务（如现场勘验、样本采集、数据记录等），但不得独立行使调查取证权或作出行政决定。

2. 证据收集的合法性要件

   • 主体资格：辅助人员需经生态环境部门正式授权或委托，并持有有效工作证件；
     
   • 程序规范：证据收集过程须符合法定程序（如两人以上执法、出示证件、制作笔录等）；
     
   • 证据形式：收集的证据需符合《行政诉讼法》第33条规定的类型（如书证、物证、视听资料、电子数据等），且内容真实、关联性强。
     若辅助人员违反程序或超越权限收集证据，可能导致证据被排除（如《行政诉讼法》第43条关于非法证据排除的规定）。

3. 实践中的注意事项

   • 辅助与主导的界限：辅助人员不得以自己名义实施调查，所有证据需由执法人员审核并签名确认；
     
   • 技术性证据的特殊性：对专业性较强的证据（如环境监测数据），辅助人员需具备相应资质（如环境监测上岗证），否则可能影响证据效力；
     
   • 权利告知义务：在询问当事人或证人时，辅助人员需配合执法人员履行权利告知程序（如陈述申辩权、回避权等）。

建议：若您涉及具体案件，可进一步提供证据类型、收集程序等细节，我将结合《环境行政处罚办法》及地方性法规，为您分析证据合法性及风险点。