未成年人案件封存主要由司法机关及政府部门依职权自动进行，特定情况下也可通过申请办理。具体来说，涉及未成年人案件封存的部门及流程如下：
一、负责部门与职责
法院：
- 作为审判机关，法院在判决生效后会自动对符合条件的未成年人犯罪记录进行封存。
- 若未成年人或其法定代理人主动提出申请，法院也会对其条件进行审慎评估，并依法作出是否封存的裁定。
检察院：
- 在审查起诉等环节，检察院会根据具体情况对符合条件的未成年人犯罪记录进行封存处理或监督相关部门进行封存。
公安机关：
- 负责具体执行犯罪记录封存工作，包括侦查过程中形成的未成年人犯罪记录材料的封存和管理。
- 公安机关会采取妥善措施，确保这些记录得到安全、保密的保存。
- 同时，公安机关也是咨询和提交申请的初步接收部门，在特定情况下，未成年人或其法定代理人可向公安机关咨询具体申请流程和要求。
司法行政机关：
- 参与犯罪记录的封存工作，负责受理、审核和处理其职权范围内的相关事务。
- 公安机关、人民检察院、人民法院和司法行政机关还会在其封存的犯罪记录卷宗上加盖明显标识，并实行专门的管理及查询制度。
户籍所在地派出所：
- 在特殊情况下，如涉及户籍管理等相关事务时，可能会参与到犯罪记录封存的部分工作中，如对相关材料进行审核、盖章等。
二、封存流程与要求
自动封存（无需申请）：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，对于犯罪时未满十八周岁且被判处五年有期徒刑以下刑罚的未成年人，其犯罪记录应当依法自动封存。
- 此过程无需未成年人或其法定代理人提出申请。
手动申请（特殊情况）：
- 若司法机关未及时封存或存在其他特殊情况，未成年人或其法定代理人可向作出判决的人民法院提出书面申请。
- 准备材料：
- 申请书：详细说明申请原因、请求，以及申请人基本信息、未成年人的犯罪情况等。
- 身份证明材料：身份证、户口簿等证明身份关系和身份信息的材料。
- 判决书副本：证明符合封存条件的刑事判决书副本。
- 申请步骤：
- 前往当地公安机关咨询具体申请流程和要求。
- 填写申请表，并附上准备好的所有材料。
- 将申请表和相关材料提交给公安机关或人民法院。
- 等待审核结果，通常公安机关或人民法院会制作犯罪记录封存通知书，并送达相关部门进行封存。
三、注意事项与建议
- 查询限制：虽然犯罪记录被封存，但在特定情况下（如司法机关办案需要、律师依法查询等），相关机关仍可依法进行查询。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。
- 地区差异：不同地区的具体流程和要求可能有所不同，建议在申请前先通过电话或网络查询当地公安机关的具体要求。
- 遵纪守法：封存犯罪记录是给予未成年人的一次改过自新的机会，应珍惜并严格遵守法律法规，不再犯错。
综上所述，未成年人案件封存是一项重要的法律制度，旨在保护未成年人的合法权益。通过司法机关和政府部门的共同努力，可以确保符合条件的未成年人犯罪记录得到妥善封存和管理。如果您或您身边的人有关于未成年人案件封存的具体问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。