农户同意村民小组长与土地承包人签协议，在符合法定条件的情况下是受法律保护的。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议签订的主体资格与授权
村民小组长的权限：
- 村民小组长作为村民小组的代表，其权限通常来源于村民小组的授权或法律规定。在涉及土地承包等重大事项时，村民小组长一般需要获得村民小组的明确授权或经过村民小组会议的讨论决定。
- 如果村民小组长未经授权或未经村民小组会议讨论，擅自与土地承包人签订协议，该协议可能因缺乏合法授权而无效。
农户的同意：
- 农户作为土地的使用权人或承包人，其同意是协议有效的重要前提。如果农户明确表示同意村民小组长与土地承包人签订协议，并且这种同意是真实、自愿的，那么该协议在农户同意的范围内是受法律保护的。
- 农户的同意可以通过书面形式、口头形式或其他形式表达，但为了确保协议的明确性和可证明性，建议采用书面形式。
二、协议内容的合法性
协议内容符合法律法规：
- 协议内容必须符合国家法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，协议中不得包含非法转让土地使用权、侵犯他人合法权益等条款。
- 如果协议内容违反法律法规，那么该协议将无效，不受法律保护。
协议内容不损害公共利益：
- 协议内容不得损害国家、集体或第三人的利益。如果协议内容损害了公共利益，那么该协议也可能因违反公序良俗而无效。
三、协议签订的程序合法性
签订程序符合规定：
- 协议的签订程序必须符合法律法规的规定。例如，在签订涉及土地承包的协议时，可能需要经过土地管理部门或相关政府部门的审批或备案。
- 如果签订程序不符合规定，那么该协议可能因程序瑕疵而无效或可撤销。
协议签订过程中的公平、公正、公开：
- 协议签订过程中应确保公平、公正、公开，避免一方利用优势地位或欺诈手段迫使另一方签订不公平的协议。
- 如果协议签订过程中存在不公平、不公正或不公开的情况，那么该协议可能因违反公平原则而无效或可撤销。
四、法律后果与救济途径
协议有效的情况：
- 如果协议符合上述所有条件，即主体资格合法、授权明确、内容合法、程序合法，并且得到了农户的明确同意，那么该协议是有效的，受法律保护。
- 在协议有效的情况下，如果一方违反协议约定，另一方可以依法要求违约方承担违约责任，包括继续履行、赔偿损失等。
协议无效或可撤销的情况：
- 如果协议存在上述任何一项不符合条件的情况，那么该协议可能无效或可撤销。
- 在协议无效或可撤销的情况下，受损害方可以依法要求确认协议无效或撤销协议，并要求对方返还财产、赔偿损失等。
建议：在签订涉及土地承包等重大事项的协议时，务必确保协议的主体资格合法、授权明确、内容合法、程序合法，并且得到农户的明确同意。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。