职工持有合法病假条的情况下，工资是否会被扣除需视具体情况而定，但无论如何，病假期间支付的工资或疾病救济费不得低于当地最低工资标准的80%。以下从多个角度为您详细分析：
一、法律规定的基本标准
根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条的规定，职工在患病或非因工负伤治疗期间，若处于规定的医疗期内，企业应按相关规定支付其病假工资或疾病救济费。这一费用可以低于当地最低工资标准，但不得低于最低工资标准的80%。这是法律对病假工资支付设定的最低保障线，旨在保障职工在病假期间的基本生活。
二、用人单位的具体规定
在遵循法律规定的基础上，不同用人单位可能会根据自身的经营状况、员工福利待遇等因素，制定具体的病假工资支付标准。这些标准可能因公司而异，有的公司可能选择全额支付员工病假期间的工资，以体现对员工的人文关怀；而有的公司则可能根据员工的工作年限、病假时长等条件，设定不同的支付比例。
示例说明：
- 假设某公司规定，工作不满1年的员工，病假期间按本人工资的60%发放；工作1-3年的员工，按70%发放；工作3年以上的员工，则全额发放。
- 若当地月最低工资标准为2000元，其80%即为1600元。若员工小李月工资为3000元，工作不满1年，病假期间按公司规定应拿1800元（3000元的60%），这高于最低工资标准的80%，因此按公司规定执行；若员工小张月工资仅为1500元，即使按公司规定只能拿900元（假设按60%计算，实际可能因公司规定而不同），但由于低于最低工资标准的80%（即1600元），公司应依法调整至1600元发放小张的病假工资。
三、病假工资的计算方法
病假工资的计算通常涉及两个关键因素：病假工资基数和病假工资计算系数。
病假工资基数：
- 劳动合同有约定的，按劳动合同约定的劳动者本人所在岗位（职位）相对应的工资标准确定。
- 集体合同（工资集体协议）确定的标准高于劳动合同约定标准的，按集体合同标准确定。
- 劳动合同、集体合同均未约定的，可由用人单位与职工代表通过工资集体协商确定，或按劳动者本人所在岗位正常出勤月工资的70%确定。
病假工资计算系数：
- 职工疾病或非因工负伤连续休假在6个月以内的，根据连续工龄确定支付比例，如连续工龄不满2年的，按本人工资的60%计发；连续工龄满2年不满4年的，按本人工资的70%计发，以此类推。
- 职工疾病或非因工负伤连续休假超过6个月的，由企业支付疾病救济费，支付标准也根据连续工龄确定，但一般低于病假工资标准。
计算公式：月病假工资 = 病假工资的计算基数 × 相应的病假工资的计算系数。日病假工资则通过月病假工资除以当月计薪日得出。
四、特殊情况下的处理
- 若劳动者提供的病假条存在虚假成分或不符合用人单位的要求（如非指定医院开具），用人单位有权拒绝支付病假工资或按旷工处理。
- 用人单位在符合法律规定的前提下，有权制定更为具体的病假工资支付政策，包括但不限于病假工资的支付条件、支付方式等。因此，劳动者在请病假前应先了解用人单位的具体规章制度。
五、维权建议
若用人单位违反规定克扣病假期间工资，劳动者可采取以下措施维护自身权益：
- 与用人单位协商：首先尝试与用人单位沟通，明确指出其行为不符合法律规定，要求用人单位按规定支付病假工资。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位限期支付克扣的工资。
- 申请劳动仲裁：劳动者还可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付克扣的工资及相应的经济补偿。
综上所述，职工在持有合法病假条的情况下，工资是否会被扣除需根据具体情况判断，但无论如何都应确保病假期间的工资不低于当地最低工资标准的80%。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。