结论前置：公司不能直接就安全事故对员工进行罚款，但可以依据合法有效的规章制度采取其他相应措施，如扣减绩效奖金、要求经济赔偿等。

详细分析：

1. 罚款权力的归属：

   • 罚款作为行政处罚的一种形式，其行使权严格归属于具有处罚权的行政机关或法律、法规授权的组织。公司，作为非行政机关，并不具备法律赋予的行政处罚权力，因此，它不能直接对员工进行罚款。

2. 公司可采取的措施：

   • 依据规章制度处理：公司可以依法制定明确的安全生产规章制度，并通过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）进行制定，同时确保这些规章制度已向员工公示或告知。在员工违反这些规章制度时，公司可以依据规章制度对员工进行相应处理，如扣减绩效奖金、警告、记过、降职等。但需注意，这些处理方式并非传统意义上的“罚款”，而是基于双方劳动合同关系及企业内部管理规定。
   • 要求经济赔偿：若员工因违反安全生产规则给公司造成直接经济损失，公司有权要求员工进行赔偿。赔偿金额可以从员工工资中扣除，但需遵循一定限制，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

3. 遵循法律法规的重要性：

   • 公司在处理员工违反安全生产规则的问题时，必须严格遵循法律法规的规定。任何管理措施都应确保合法合规，以避免可能的劳动纠纷和法律风险。例如，公司在制定规章制度时，应确保其内容合法、程序正当，且已向员工充分告知；在要求员工赔偿时，应确保赔偿金额合理，且扣除方式符合法律规定。

4. 实际案例与法律建议：

   • 假设某公司员工因违反安全生产规定导致设备损坏，公司不能直接对该员工进行罚款，但可以依据公司规章制度扣减其绩效奖金，并要求其赔偿设备损坏的直接经济损失。在赔偿过程中，公司应确保赔偿金额的计算合理，且扣除方式符合法律规定，以避免引发劳动纠纷。
   • 对于公司而言，建议其在制定和执行安全生产规章制度时，充分考虑员工的权益和公司的合法权益，确保规章制度的合理性和合法性。同时，公司应加强对员工的安全生产培训，提高员工的安全意识，以减少安全事故的发生。

后续行动建议：若公司在处理员工违反安全生产规则的问题时遇到疑问或争议，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供准确的法律意见和帮助。