若法院不认可客运车辆挂靠经营违法，您可考虑通过以下途径进一步处理：

1. 审视法院裁判依据与理由
   首先需明确法院作出该认定的具体依据。根据《道路运输条例》及地方性法规，客运经营需取得行政许可，挂靠经营因“名义经营者与实际经营者分离”的特征，常被认定为规避监管、损害公共安全，实践中多被认定为违法。若法院未认定违法，可能基于以下理由：

   • 证据不足：如您未能充分证明挂靠关系（如未提供挂靠协议、管理费支付记录、车辆控制权证据等），法院可能因事实不清未予认定；
     
   • 法律适用争议：部分地区可能对“挂靠”的界定存在细化规定（如是否以营利为目的、是否涉及线路经营权等），若您的行为未触及核心违法要素，法院可能未直接认定违法；
     
   • 特殊情形豁免：如挂靠行为符合地方政策导向（如扶贫运输、特定线路试点等），或已通过其他方式补足行政许可（如实际经营者单独取得经营资质），法院可能基于政策平衡未认定违法。
     建议：仔细研读判决书，明确法院未认定违法的具体理由，针对性补充证据或调整主张。

2. 通过上诉或再审程序救济
   若您认为法院认定错误，且一审判决未生效，可在法定期限内（15日）向上一级法院提起上诉；若判决已生效，可依据《民事诉讼法》申请再审，重点主张：

   • 事实认定错误：如法院未采信关键证据（如挂靠协议、证人证言等），导致对挂靠关系认定错误；
     
   • 法律适用错误：如法院未正确适用《道路运输条例》中关于客运经营许可的规定，或未参考最高人民法院相关司法解释（如《关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》中关于挂靠车辆责任承担的规定）；
     
   • 程序违法：如法院未依法调查取证、未组织质证等，影响案件公正审理。
     注意：上诉或再审需提交书面材料，明确请求与理由，建议委托律师协助撰写，以提高成功率。

3. 通过行政投诉或行政诉讼推动监管介入
   若法院未认定违法，但您认为挂靠行为确实存在安全隐患或损害公共利益，可向交通运输主管部门投诉，要求其对涉事车辆或企业进行行政检查。若主管部门未依法履职，可进一步提起行政诉讼，请求法院判决其履行监管职责。
   依据：根据《道路运输条例》，交通运输主管部门对未取得经营许可擅自从事客运的行为有查处权，若挂靠行为实质上构成“未取得许可经营”，主管部门应依法处罚。

4. 协商或调解解决争议
   若案件涉及民事赔偿（如交通事故责任承担），且法院未认定挂靠违法导致责任分配不利，可尝试与对方协商，基于挂靠协议中的责任分担条款（如有）或公平原则，重新约定赔偿比例；或通过法院调解程序，在法官主持下达成和解。
   提示：协商需以自愿为前提，避免因强制调解损害自身权益。

总结：法院未认定客运车辆挂靠经营违法，需先分析具体理由，再通过上诉、再审、行政投诉或协商等途径救济。具体选择需结合案件事实、证据情况及您的核心诉求（如纠正违法认定、追究责任、推动监管等）。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供详细建议。