运政交通管理部门确实有权利对企业的违法行为进行罚款，这一权力主要来源于其依法承担的行政处罚权。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、法律依据

运政交通管理部门，作为交通运输行业的主管部门，其职责之一就是维护交通运输市场的秩序，保障交通运输安全。根据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规，运政交通管理部门有权对违反道路运输管理规定的企业进行行政处罚，包括罚款。这些法规明确规定了哪些行为是违法的，以及违法后应承担的法律责任，为运政交通管理部门的执法提供了明确的法律依据。

二、罚款的情形

运政交通管理部门对企业进行罚款，通常是在企业存在以下违法行为时：

1. 未经许可擅自从事道路运输经营：如未经许可擅自从事客运、货运等道路运输经营活动。
2. 超越许可事项从事道路运输经营：如超越许可的范围、线路、站点等从事道路运输经营活动。
3. 未按照规定维护和检测运输车辆：如未按照规定对运输车辆进行定期维护和检测，导致车辆存在安全隐患。
4. 其他违反道路运输管理规定的行为：如未按照规定携带道路运输证、未按照规定填写行车路单等。

三、罚款的程序

运政交通管理部门在对企业进行罚款时，必须遵循严格的法律程序，包括：

1. 立案调查：发现企业存在违法行为后，运政交通管理部门会进行立案调查，收集相关证据。
2. 告知权利：在作出行政处罚决定前，运政交通管理部门会告知企业其享有的陈述、申辩等权利。
3. 作出处罚决定：根据调查结果和法律规定，运政交通管理部门会作出行政处罚决定，并书面告知企业。
4. 执行处罚：企业应在规定的期限内履行处罚决定，如缴纳罚款等。如企业不履行，运政交通管理部门有权采取强制执行措施。

四、企业的救济途径

如果企业对运政交通管理部门的罚款决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。在行政复议或行政诉讼过程中，企业可以提出自己的主张和证据，以维护自己的合法权益。

五、实际案例

在实际操作中，运政交通管理部门对企业的罚款案例并不少见。例如，某企业未经许可擅自从事客运经营活动，被运政交通管理部门查处后，依法对其进行了罚款。这一案例表明，运政交通管理部门在维护交通运输市场秩序方面发挥着重要作用，其罚款权力是合法且有效的。

总结来说，运政交通管理部门作为交通运输行业的主管部门，有权对企业的违法行为进行罚款。这一权力来源于法律法规的明确规定，并遵循严格的法律程序。如果企业对此有异议或不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。