人事档案审核中劳动合同丢失，参加工作时间的认定应依据其他相关材料综合判定。

一. 法律依据

根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》第二条，用人单位未与劳动者签订劳动合同，认定双方存在劳动关系时可参照下列凭证：

• （一）工资支付凭证或记录（职工工资发放花名册）、缴纳各项社会保险费的记录；
• （二）用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件；
• （三）劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等招用记录；
• （四）考勤记录；
• （五）其他劳动者的证言等。

二. 分析说明

1. 综合判定：在人事档案审核中，若劳动合同丢失，并不意味着无法认定参加工作时间。劳动关系的存在并不完全依赖于劳动合同的存在，还可以依据上述通知中提到的其他相关凭证进行综合判定。
2. 具体材料：例如，工资支付凭证、社保缴纳记录、工作证、招工招聘登记表、考勤记录等，都是可以用来证明劳动者与用人单位存在劳动关系以及参加工作时间的证据。
3. 举证责任：用人单位或劳动者在认定参加工作时间时，应尽可能提供上述相关凭证。若用人单位未能提供有效证据，而劳动者提供的证据能够证明其主张的，应采信劳动者的主张。

三. 处理建议

1. 查找其他证据：首先，应尝试查找其他能够证明劳动关系的证据，如工资条、社保缴纳记录、工作证等。
2. 与用人单位沟通：若个人无法找到足够的证据，可以与用人单位沟通，请求其提供相关的证明材料。
3. 申请劳动仲裁或诉讼：若用人单位拒绝提供证明或双方对参加工作时间存在争议，劳动者可以向劳动仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼，由仲裁机构或法院根据双方提供的证据进行裁决。

我建议，在处理此类问题时，劳动者应尽可能收集并保留好所有能够证明劳动关系的证据，以便在需要时进行维权。同时，用人单位也应加强人事档案管理，确保劳动合同的妥善保管，避免类似情况的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。