自然人控股公司持有的烟草证，一般不能直接由公司变为个人经营。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、烟草专卖许可证的性质与规定
根据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例，烟草专卖许可证（包括烟草专卖零售许可证）是特定主体从事烟草制品零售业务的合法凭证。该许可证的颁发、变更、注销等均受到法律的严格规范。
许可证的专属性：烟草专卖许可证是针对特定主体（如个人或企业）颁发的，具有专属性。这意味着，许可证上的主体信息（如名称、法定代表人等）一旦确定，就不能随意变更。
变更的法定条件：若需变更许可证上的主体信息，通常需要满足一定的法定条件，并按照规定的程序进行申请和审批。这些条件可能包括但不限于：原主体注销或解散、新主体符合申请条件、提供必要的证明文件等。
二、公司烟草证变为个人经营的法律障碍
主体变更的复杂性：将公司持有的烟草证变为个人经营，实际上涉及到了许可证主体的变更。这种变更不是简单的“过户”或“转让”，而是需要重新申请新的烟草专卖零售许可证。
申请条件的差异：个人申请烟草专卖零售许可证与公司申请可能存在不同的条件要求。例如，个人可能需要提供身份证明、经营场所证明等；而公司则可能需要提供营业执照、税务登记证等更多文件。因此，即使原公司符合申请条件，个人也不一定能够直接继承或获得该许可证。
法律程序的遵循：即使个人符合申请条件，也需要按照法定的程序进行申请和审批。这包括提交申请材料、接受烟草专卖行政主管部门的审查、等待审批结果等步骤。
三、建议与操作路径
重新申请许可证：如果个人希望从事烟草制品零售业务，最稳妥的方式是重新申请烟草专卖零售许可证。在申请过程中，应确保提供真实、完整的申请材料，并遵循法定的程序和要求。
咨询当地烟草专卖行政主管部门：由于不同地区的烟草专卖政策可能存在差异，因此在申请前最好咨询当地烟草专卖行政主管部门，了解具体的申请条件和程序。
注意法律风险：在尝试将公司烟草证变为个人经营的过程中，应特别注意法律风险。任何违反法律、法规的行为都可能导致申请被拒绝或面临法律责任。
如有进一步疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供更为详细和专业的法律建议。