针对你提出的问题“无证房被霸占，起诉返还建房款，法院认定违建驳回诉讼请求，是否合法”，以下是我的详细解答：

结论：法院认定违建并驳回诉讼请求，这一做法在符合法律规定的情况下是合法的。

分析说明：

1. 无证房的法律地位：

   • 无证房通常指的是没有取得合法建设手续或产权证书的房屋。这类房屋在法律上可能存在权属争议或被视为违法建筑。

2. 法院驳回诉讼请求的依据：

   • 法院在审理此类案件时，会依据相关法律法规和证据来判断房屋的合法性以及当事人的权益。
   • 如果法院认定房屋为违法建筑，那么基于该房屋产生的所有权益（包括建房款）都可能不受法律保护。
   • 在此情况下，法院驳回返还建房款的诉讼请求是符合法律规定的。

3. 法律后果与建议：

   • 对于无证房被霸占的情况，如果房屋确实被认定为违法建筑，那么当事人可能面临房屋被拆除、无法追回建房款等法律后果。
   • 建议当事人在遇到此类问题时，首先咨询专业律师，了解房屋的法律状态和自身的权益。
   • 如果房屋确实存在权属争议或被视为违法建筑，应尽快寻求合法途径解决，如申请补办建设手续、进行权属确认等。

4. 特殊情况考虑：

   • 在某些特殊情况下，即使房屋为无证房，但如果当事人能够证明其对该房屋享有合法权益（如通过继承、赠与等方式获得），那么法院可能会根据具体情况作出不同的判决。

综上所述，法院认定违建并驳回诉讼请求的做法，在符合法律规定的情况下是合法的。当事人在面对此类问题时，应充分了解房屋的法律状态和自身的权益，并寻求专业律师的帮助来制定合适的应对策略。