结论前置： 第二轮土地承包土地证书压在村上是否违法，取决于具体情况。如果村上无权扣押或留存该证书，且此行为影响了土地承包者的合法权益，那么这种行为可能构成违法。

分析说明：

1. 土地承包证书的性质：

   • 土地承包证书是土地承包者合法拥有土地使用权的凭证，具有法律效力。
   • 任何单位或个人都无权非法扣押或留存他人的土地承包证书。

2. 村上的行为分析：

   • 如果村上出于管理或登记的需要，暂时保管土地承包证书，并且得到了土地承包者的同意，那么这种行为可能不构成违法。
   • 但如果村上无故扣押或长期留存土地承包证书，且未得到土地承包者的同意，那么这种行为就可能侵犯了土地承包者的合法权益，构成违法。

3. 法律后果：

   • 如果村上的行为构成违法，土地承包者有权要求村上返还土地承包证书，并可能通过法律途径维护自己的合法权益。
   • 在极端情况下，如果村上的行为造成了严重的法律后果，如导致土地承包者无法行使土地使用权，造成经济损失等，那么村上可能需要承担相应的法律责任。

4. 建议：

   • 土地承包者应当妥善保管自己的土地承包证书，避免遗失或被他人非法扣押。
   • 如果遇到村上或其他单位、个人无故扣押土地承包证书的情况，土地承包者应当及时寻求法律援助，维护自己的合法权益。

综上所述，第二轮土地承包土地证书压在村上是否违法，需要根据具体情况来判断。如果村上无权扣押或留存该证书，且此行为影响了土地承包者的合法权益，那么土地承包者有权通过法律途径维护自己的权益。