村干部代替农民签字按手印办理土地确权证的行为，确实是违法的。以下从多个角度为你详细分析：

法律角度

1. 违反法定程序：土地确权证的办理应当遵循严格的法定程序，包括申请、审核、公示、登记等环节。其中，签字按手印是确认土地权属的重要环节，必须由土地权利人本人亲自进行，以确保其真实意愿的表达。村干部代替农民签字按手印，显然违反了这一法定程序。

2. 侵犯农民权益：土地确权证是农民土地权益的重要凭证，它确认了农民对土地的合法使用权或所有权。村干部代替农民签字按手印，实际上是在未经农民同意的情况下，擅自处分了农民的土地权益，这构成了对农民权益的侵犯。

3. 可能构成犯罪：如果村干部代替农民签字按手印的行为情节严重，比如涉及大量土地、多次作案或者造成严重后果等，那么这种行为还可能构成犯罪，如滥用职权罪、诈骗罪等。当然，这需要根据具体案件情况来判断。

实际操作角度

1. 影响土地确权证的效力：由于村干部代替农民签字按手印的行为违反了法定程序，因此所办理的土地确权证可能存在效力瑕疵。在后续的土地流转、抵押、继承等过程中，可能会因为土地确权证的效力问题而引发纠纷。

2. 损害政府公信力：土地确权工作是政府推动的一项重要工作，它关系到农民的切身利益和农村社会的稳定。村干部代替农民签字按手印的行为，不仅损害了农民的权益，也损害了政府的公信力，影响了土地确权工作的顺利进行。

建议与措施

1. 及时反映问题：如果农民发现自己的土地确权证被村干部代替签字按手印办理了，应当及时向当地政府或相关部门反映问题，要求重新办理土地确权证。

2. 寻求法律援助：如果农民在反映问题的过程中遇到困难或者得不到及时解决，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

3. 加强监督与管理：政府和相关部门应当加强对土地确权工作的监督与管理，确保土地确权证的办理过程合法、公正、透明，防止类似问题的再次发生。

总之，村干部代替农民签字按手印办理土地确权证的行为是违法的，它不仅违反了法定程序，也侵犯了农民的权益。如果农民遇到这种情况，应当及时采取措施维护自己的合法权益。如果你还有其他关于房产问题（农村土地/宅基地）的疑问，可以直接向我咨询。