在刑事案件中，如果双方口供不一致，司法机关会如何处理，主要取决于案件的其他证据情况。以下是对此问题的详细分析：

1. 综合审查全案证据：

   • 司法机关不会仅凭口供来定案，而是会全面、客观地收集并审查案件中的所有证据，包括物证、书证、证人证言、鉴定意见等。
   • 如果其他证据能够形成完整的证据链，即使双方口供不一致，也不影响对案件事实的认定和定罪量刑。

2. 分析口供差异原因：

   • 司法机关会仔细审查双方口供的差异，并分析差异产生的原因，如记忆偏差、虚假陈述或受到外部影响等。
   • 如果一方口供能与其他证据相互印证，而另一方口供与之矛盾且无法给出合理解释，那么后者口供的可信度就会降低。

3. 考量口供获取过程的合法性：

   • 司法机关还会审查口供的获取过程，确保没有刑讯逼供、诱供、指供等违法取证行为。
   • 如果存在非法取证行为，相关口供将被依法排除，不能作为定案的依据。

4. 进一步调查核实：

   • 如果双方口供不一致且其他证据不足以形成完整的证据链，司法机关可能会进一步调查核实，如询问更多相关证人、对物证进行鉴定等，以补充证据查明真相。

5. 最终定罪量刑依据：

   • 最终的定罪和量刑是依据整个证据体系来作出的，而不是单纯依据口供。
   • 如果证据确凿、充分，能够形成完整的证据链证明犯罪事实，即使双方口供不一致，也不影响对犯罪嫌疑人的定罪和量刑。

综上所述，在刑事案件中，双方口供不一致并不一定会影响案件的审理和判决。司法机关会综合全案的各种证据来进行审查判断，确保案件的公正、公平和合法。如果您或您的亲友面临类似情况，建议尽快咨询专业律师，以便获得更具体的法律建议和帮助。