委托申购经济适用房协议通常会被认定为无效，这主要基于以下几个方面的法律分析和实践案例：

1. 违反法律法规和政策规定：

   • 经济适用房是国家为解决城市低收入家庭住房困难而提供的政策性住房，其购买资格和交易程序都受到严格的法律法规和政策限制。
   • 根据《中华人民共和国合同法》（现《民法典》合同编）的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的合同无效。委托申购经济适用房协议，如果涉及通过非正常手段获取购买资格或进行交易，就违反了相关法律法规和政策规定，因此通常会被认定为无效。

2. 损害社会公共利益：

   • 经济适用房政策旨在保障低收入家庭的住房权益，维护社会公平和稳定。委托申购经济适用房协议如果违反了这一政策目的，就可能损害社会公共利益。
   • 在司法实践中，法院通常会认定这类协议无效，以维护经济适用房政策的严肃性和社会公共利益。

3. 案例支持：

   • 已有多个司法案例表明，委托申购经济适用房协议因违反法律法规和政策规定而被认定为无效。例如，在某案例中，原告通过他人介绍委托被告购买经济适用房，并向被告支付了现金。但被告未能按约定交付房屋，且拒绝退还原告支付的费用。法院经审理认为，原、被告之间的委托合同因违反经济适用房政策而无效，判决被告返还原告支付的费用。

针对委托申购经济适用房协议无效的法律建议：

• 避免签订无效协议：在申购经济适用房时，应严格遵守相关法律法规和政策规定，通过正规渠道进行申购，避免签订无效协议。
• 及时维权：如果已经签订了无效协议，并遭受了损失，应及时向法院提起诉讼，要求确认协议无效并返还已支付的费用。
• 增强法律意识：在涉及经济适用房等政策性住房的交易时，应增强法律意识，了解相关法律法规和政策规定，避免因无知而遭受损失。

可能的法律后果：

• 如果委托申购经济适用房协议被认定为无效，那么双方基于该协议所取得的财产应当予以返还。有过错的一方还应当赔偿对方因此所受到的损失。
• 在某些情况下，如果涉及非法手段获取购买资格或进行交易，还可能面临行政处罚甚至刑事责任。

综上所述，委托申购经济适用房协议通常会被认定为无效。在涉及经济适用房等政策性住房的交易时，应严格遵守相关法律法规和政策规定，避免签订无效协议并遭受损失。如有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。