结论：农村偷水被抓罚款1000元是否合理，需结合具体情节、地方性法规及行政处罚程序综合判断，可能存在合理或不合理两种情形。以下从法律适用、处罚程序、地方性规定三个角度展开分析：

1. 法律适用角度：需明确“偷水”行为的法律性质

• 根据《中华人民共和国水法》第六十九条，未经批准擅自取水或未依照批准的取水许可规定条件取水的，由县级以上人民政府水行政主管部门责令停止违法行为，限期采取补救措施，处二万元以上十万元以下罚款；情节严重的，吊销取水许可证。
• 关键点：若“偷水”行为属于未经许可擅自取水（如私接水管、绕过计量装置用水），则法定罚款下限为2万元。此时罚款1000元低于法定最低标准，可能因程序违法或证据不足被认定为不合理。
• 例外情形：若地方性法规对“偷水”行为设定了更低的处罚标准（如针对农村地区小额用水），或行为情节轻微（如首次违规、用水量极少），则可能存在合法空间。

2. 处罚程序角度：需审查行政机关的执法合规性

• 根据《行政处罚法》，行政机关作出罚款决定需遵循以下程序：
  1. 调查取证：证明违法行为存在（如现场照片、用水记录、证人证言）；
  2. 告知权利：向当事人告知处罚事实、理由、依据及陈述申辩权；
  3. 听取陈述申辩：当事人提出异议的，需复核并记录；
  4. 作出决定：出具书面处罚决定书，载明罚款金额、缴纳方式及救济途径。
• 若程序存在瑕疵（如未告知权利、未听取申辩、未出具决定书），则罚款1000元可能因程序违法被撤销或变更。

3. 地方性规定角度：需核查地方性法规或规章

• 部分省份或市县可能针对农村用水管理制定地方性法规，对“偷水”行为设定更灵活的处罚标准。例如：
  • 某省《农村供水管理办法》可能规定，对首次违规、用水量较小的行为，可处500元至2000元罚款；
  • 某市《水资源管理条例》可能将“偷水”罚款与用水量挂钩，按每立方米一定金额计算。
• 若地方性规定明确允许罚款1000元，且行为符合该规定中的情节标准，则处罚可能合理。

行动建议：

1. 核实处罚依据：要求行政机关出具书面处罚决定书，查看其引用的法律条款及地方性规定；
2. 核查程序合规性：确认是否履行了调查、告知、申辩等程序；
3. 申请复议或诉讼：若认为处罚违法，可在收到决定书60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。

如有进一步细节（如处罚决定书内容、地方性规定条款），可提供具体信息以便更精准分析。