土地承包经营权中的使用权纠纷与土地权属纠纷的核心区别在于权利来源及处理机制的不同。以下是对两者的详细区分：
一、权利来源
土地承包经营权纠纷：
- 此类纠纷的权利来源是集体土地承包。即当事人通过承包集体土地而获得土地使用权，并在此基础上与其他集体土地承包人发生土地使用权纠纷。
- 具体包括因订立、履行、变更、解除和终止农村土地承包合同发生的纠纷；因农村土地承包经营权转包、出租、互换、转让、入股等流转发生的纠纷；因收回、调整承包地发生的纠纷；因确认农村土地承包经营权发生的纠纷；以及因侵害农村土地承包经营权发生的纠纷等。
土地权属纠纷：
- 土地权属纠纷是一个更大的概念，它指的是除土地承包经营权外的土地所有权和使用权争议。
- 这类纠纷通常涉及土地权属的确认、变更或争议，且不涉及通过承包方式获得的土地使用权。
二、处理机制
土地承包经营权纠纷：
- 根据《中华人民共和国农村土地承包法》第五十五条的规定，因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解解决。
- 当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。
- 关键点：此类纠纷不属于《中华人民共和国土地管理法》第十六条规定的由乡镇人民政府处理的事项。
土地权属纠纷：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》第十四条第一款的规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。
- 个人之间、个人与单位之间的争议，可以由乡级人民政府处理。
- 关键点：此类纠纷需要由人民政府进行确权处理，与土地承包经营权纠纷的处理机制不同。
三、实际案例
以最高人民法院作出的(2020)最高法行申12423号《行政裁定书》为例，该案中豆永乐、窦文庄与豆荣州因承包地边界不清发生土地使用权范围纠纷。双方权利来源系集体土地承包，因此该纠纷属于土地承包经营权纠纷，而非土地权属纠纷。最终，法院认定王京镇人民政府作出处理决定超越职权，唐县政府撤销该处理决定并无不妥。
四、法律建议
- 对于土地承包经营权纠纷：当事人应首先尝试通过协商或调解解决纠纷；若无法达成一致，可向农村土地承包仲裁机构申请仲裁或直接向人民法院起诉。
- 对于土地权属纠纷：当事人应首先尝试通过协商解决纠纷；若协商不成，应向人民政府申请确权处理。
在实际操作中，当事人应准确区分纠纷类型，并选择合适的解决途径。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。