土地承包经营权与农用地使用权在法律性质、权利内容、取得方式及法律适用等方面均存在显著区别，以下从这几个角度为您详细分析：

1. 法律性质

• 土地承包经营权：属于用益物权的一种，是农村集体经济组织成员依法对集体所有或国家所有由集体使用的土地享有承包经营的权利。它体现了农民与集体之间的土地承包关系，具有身份属性和社会保障功能。
• 农用地使用权：这一概念在现行法律中并不直接对应某一具体权利类型，但通常可理解为对农用地进行使用、收益的权利。若从广义上理解，它可能涵盖土地承包经营权、土地经营权（通过流转取得）等具体权利形式。在狭义上，若特指非承包方式取得的农用地使用权利，则可能涉及其他类型的土地使用权，如通过租赁、入股等方式取得。

2. 权利内容

• 土地承包经营权：
  • 占有权：承包人有权占有承包地，进行农业生产活动。
  • 使用权：承包人有权使用承包地，进行耕作、种植、养殖等农业生产。
  • 收益权：承包人有权获取承包地上的农业产出，并享有相应的收益。
  • 流转权：在符合法律规定和合同约定的条件下，承包人有权将土地承包经营权流转给其他主体，如通过转包、出租、互换、转让等方式。
• 农用地使用权（以非承包方式取得为例）：
  • 使用权：使用人有权在约定的期限内使用农用地，进行农业生产或其他合法活动。
  • 收益权：使用人有权获取使用农用地所产生的收益，但具体收益分配可能受合同约定或法律规定限制。
  • 限制：相比土地承包经营权，非承包方式取得的农用地使用权可能在流转、继承等方面受到更多限制。

3. 取得方式

• 土地承包经营权：主要通过农村集体经济组织内部的家庭承包方式取得，即符合条件的农户与集体签订土地承包合同，取得土地承包经营权。此外，还有通过招标、拍卖、公开协商等方式取得的“四荒地”承包经营权。
• 农用地使用权（非承包方式）：可能通过租赁、入股、合作等方式从土地所有权人或承包经营权人处取得。这些方式通常基于双方当事人的自愿协商，并签订相应的合同。

4. 法律适用

• 土地承包经营权：主要受《中华人民共和国农村土地承包法》调整，该法详细规定了土地承包的原则、程序、权利义务、流转方式及法律责任等内容。
• 农用地使用权（非承包方式）：若涉及租赁等合同关系，则可能受《中华人民共和国民法典》中合同编的相关规定调整；若涉及其他特殊类型的土地使用权，则可能受其他专门法律或行政法规的调整。

实际应用中的注意事项

• 在农村土地实践中，土地承包经营权是农民最基本、最重要的财产权利之一，其取得、行使和保护均受到法律的严格保障。
• 对于非承包方式取得的农用地使用权，当事人应谨慎签订合同，明确双方的权利义务关系，避免产生纠纷。
• 在涉及土地流转时，无论是土地承包经营权还是农用地使用权，均应遵守相关法律法规的规定，确保流转的合法性和有效性。

总结来说，土地承包经营权与农用地使用权在法律性质、权利内容、取得方式及法律适用等方面均存在显著差异。在实际操作中，应根据具体情况选择合适的权利类型和取得方式，并严格遵守相关法律法规的规定。如果您在农村土地方面遇到具体问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。