没有事实依据的案件，在正常情况下不会留下案底。以下是对此问题的详细分析：
一、案底的定义与形成
案底，通常指的是犯罪记录，即某人因犯罪行为而被司法机关记录在案的相关信息。这种记录一般会在个人档案中留下痕迹，对个人的社会评价、职业发展等可能产生长远影响。案底的形成，必须基于确实的犯罪事实和相应的法律程序。
二、没有事实依据的案件处理
侦查阶段：在刑事案件的侦查阶段，如果公安机关经过调查，发现没有事实依据支持犯罪指控，那么案件可能会被撤销或者不予立案。这意味着，从一开始，就没有足够的证据来支持对某个人的犯罪指控，因此也就不会形成案底。
审查起诉阶段：如果案件进入了审查起诉阶段，但检察机关认为证据不足或者没有事实依据，那么检察机关可能会作出不起诉的决定。这种情况下，同样不会形成案底，因为并没有经过法院的审判确认犯罪。
审判阶段：在审判阶段，如果法院经过审理，认为指控的犯罪事实没有足够的证据支持，那么法院会作出无罪判决。无罪判决意味着被告人没有被确认有罪，因此也不会留下案底。
三、特殊情况下的考虑
虽然正常情况下没有事实依据的案件不会留下案底，但也存在一些特殊情况需要特别注意：
错误立案或错误起诉：尽管这种情况较为罕见，但如果确实发生了错误立案或错误起诉，并且已经对个人造成了不良影响（如被错误拘留、逮捕等），那么个人有权要求相关机关进行纠正，并消除不良影响。这包括但不限于要求撤销案件、作出不起诉决定或者申请国家赔偿等。
证据收集与保存：在某些情况下，即使案件最终被认定为没有事实依据，但如果在侦查或审查过程中收集了某些个人信息或证据，这些信息或证据可能会被暂时保存。然而，这并不意味着个人留下了案底。这些信息或证据通常会在案件终结后被依法处理或销毁。
四、法律建议
保留证据：如果个人认为自己被错误指控或立案，应当积极保留相关证据，如与案件相关的通信记录、证人证言等，以便在需要时证明自己的清白。
寻求法律帮助：如果个人对案件处理有疑问或不满，可以寻求专业律师的帮助，了解自己的权利和义务，并依法维护自己的合法权益。
关注案件进展：个人应当关注自己案件的进展情况，及时了解案件的处理结果，并在必要时采取相应的法律措施。
综上所述，没有事实依据的案件在正常情况下不会留下案底。然而，个人仍然需要关注案件的进展情况，并在必要时采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。如果你有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。