结论：签订了两年的临时用工协议但申请劳动仲裁时确定不了劳动关系，问题可能出现在协议的性质与内容、实际用工情况以及证据的收集与呈现等多个方面。以下是对这些可能问题的详细分析：

1. 协议性质与内容问题：

   • 临时用工协议不等于劳动合同：临时用工协议可能并未明确双方构成劳动关系，或者协议内容存在模糊、歧义之处，导致在劳动仲裁时难以直接认定双方存在劳动关系。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当明确双方的权利和义务，包括工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬等关键条款。如果临时用工协议缺乏这些关键条款，或者条款表述不清，就可能影响劳动关系的认定。
   • 协议名称与实际不符：有时，双方可能签订的是名为“临时用工协议”的合同，但实际用工情况却符合劳动关系的特征。这种情况下，如果仅凭协议名称来判断，就可能忽略实际用工的实质，导致劳动关系无法认定。

2. 实际用工情况问题：

   • 用工关系的实质：劳动关系的认定不仅取决于合同的名称和形式，更取决于实际用工的实质。如果在实际用工过程中，劳动者接受用人单位的管理、指挥和监督，从事用人单位安排的有报酬的劳动，且劳动内容是用人单位业务的组成部分，那么即使签订的是临时用工协议，也可能被认定为存在劳动关系。
   • 用工期限与稳定性：虽然签订的是两年的临时用工协议，但如果实际用工过程中，劳动者的工作期限、工作地点、工作内容等相对稳定，且用人单位对劳动者有一定的管理权，这也可能构成劳动关系的认定依据。

3. 证据收集与呈现问题：

   • 证据不足：在申请劳动仲裁时，劳动者需要提供充分的证据来证明自己与用人单位之间存在劳动关系。如果劳动者无法提供足够的证据，如工资支付记录、工作证、考勤记录等，就可能导致劳动关系无法认定。
   • 证据呈现方式：即使劳动者收集到了相关证据，但如果证据的呈现方式不当，也可能影响劳动关系的认定。例如，证据可能不够清晰、完整，或者无法直接证明劳动者与用人单位之间的劳动关系。

建议：

• 审查协议内容：仔细审查临时用工协议的内容，确保协议中明确双方的权利和义务，特别是关于工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬等关键条款。
• 收集并保存证据：在日常工作中，注意收集并保存与用工关系相关的证据，如工资支付记录、工作证、考勤记录、工作邮件、短信等。这些证据在申请劳动仲裁时将起到关键作用。
• 咨询专业律师：如果对于劳动关系的认定存在疑问或困惑，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供专业的法律意见和建议，帮助劳动者更好地维护自己的合法权益。

如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供针对性的解答。