结论：总包合同中履约主体以及收款方由总部变为分公司，在法律上通常被视为合同主体的变更，但具体是否构成实质性变更需结合合同条款及实际履行情况综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、法律层面：主体变更的认定
合同主体的定义：合同主体是指参与合同法律关系，依法享有权利和承担义务的当事人。在总包合同中，原本的履约主体和收款方是总部，若变更为分公司，则意味着合同的一方当事人发生了变化。
主体变更的法律效果：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同主体的变更通常需要双方协商一致，并签订书面变更协议。若未经对方同意擅自变更，可能构成违约行为，需承担相应的法律责任。然而，在实际操作中，若分公司依法设立并领取营业执照，且总部与分公司之间存在明确的授权关系，那么分公司作为合同主体在法律上可能是被接受的，但这仍需具体合同条款和实际情况来判断。
二、合同条款层面：是否构成实质性变更
合同条款的审查：在判断是否构成主体变更时，需仔细审查合同条款中关于履约主体和收款方的约定。若合同中明确规定了只能由总部履行合同义务和收取款项，那么任何变更都需双方协商一致并修改合同条款。
实际履行情况的影响：除了合同条款外，实际履行情况也是判断是否构成主体变更的重要因素。若在实际履行过程中，分公司已经实际承担了合同义务并收取了款项，且对方未提出异议，那么这可能被视为双方对合同主体变更的默示认可。但这种情况仍存在法律风险，因为默示认可在法律上可能难以证明。
三、风险防范与建议
签订书面变更协议：为避免法律风险，建议在变更合同主体时签订书面变更协议，明确双方的权利义务和变更后的合同主体。
审查分公司资质与授权：在变更前，需审查分公司的设立情况、营业执照以及总部的授权文件等，确保分公司具备履行合同义务和收取款项的合法资格。
通知对方并取得同意：在变更前，应及时通知对方并取得其书面同意，以确保变更的合法性和有效性。
保留相关证据：在变更过程中，应保留好所有相关的书面文件、电子邮件、聊天记录等证据，以备不时之需。
总结：总包合同中履约主体以及收款方由总部变为分公司，在法律上通常被视为合同主体的变更。为避免法律风险，建议双方签订书面变更协议，并审查分公司的资质与授权情况。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。