对有法不依、执法不严、违法不究的行为，应通过完善监督机制、强化责任追究、提升执法能力、加强法治宣传等多维度综合治理，具体处理方式需结合行为主体和情节严重程度分情况讨论：
一、针对行政机关“有法不依、执法不严”的行为
内部监督与问责
根据《行政机关公务员处分条例》第二十条，行政机关公务员若存在“不依法履行职责，致使可以避免的损失发生”或“玩忽职守、贻误工作”等行为，需依法给予警告、记过、记大过、降级、撤职甚至开除处分。例如，环保部门对污染企业长期放任不管，导致环境严重恶化，相关责任人可能被追究行政责任。
外部监督与救济
公民、法人可通过行政复议或行政诉讼途径维权。若行政机关未依法履行法定职责（如未及时处理投诉、未颁发许可证等），相对人可申请行政复议要求纠正，或直接提起行政诉讼，法院将判决行政机关履行职责或确认其不作为违法。
绩效考评与责任倒查
将执法质量纳入政府绩效考核体系，对执法不严的部门通报批评并扣减考核分数。对重大执法失误或社会影响恶劣的案件，启动责任倒查机制，追究直接责任人和领导责任。
二、针对司法机关“违法不究”的行为
司法监督与纠错
根据《人民法院组织法》《人民检察院组织法》，上级法院、检察院可通过审判监督程序（再审）或检察监督程序（抗诉、检察建议）纠正下级司法机关的错误裁判或执法行为。例如，检察院发现法院对犯罪嫌疑人违法取保候审未及时审判，可提出纠正意见。
法官、检察官惩戒
依据《法官法》《检察官法》，法官、检察官若存在“徇私枉法、滥用职权”或“拖延办案、严重不负责任”等行为，需承担纪律责任（警告、记过、降级、撤职、开除）甚至刑事责任（如《刑法》第三百九十九条规定的“徇私枉法罪”）。
当事人申诉与信访
当事人认为司法机关未依法追究违法者责任的，可通过申诉（向法院或检察院提出）或信访途径反映问题。司法机关需依法审查并反馈处理结果，对确有错误的案件启动复查程序。
三、针对普通公民或企业“违法不究”的普遍现象
强化执法力度与频率
行政机关需通过“双随机、一公开”监管（随机抽查检查对象、随机选派执法人员，公开检查结果）和专项整治行动，提高对违法行为的发现率和查处率。例如，市场监管部门定期抽查食品生产企业，对违规添加添加剂的行为依法处罚。
信用惩戒与联合惩戒
将违法行为纳入社会信用体系，对失信主体实施限制高消费、限制参与政府采购等联合惩戒措施。例如，企业因偷税漏税被列入“黑名单”，将无法参与招投标活动。
公众监督与举报奖励
鼓励公众通过“12345”政务服务热线、网络举报平台等渠道举报违法行为，对查证属实的举报给予物质奖励（如奖金、积分兑换）并保护举报人隐私。例如，环保部门对举报企业偷排废水的公众给予奖励，并严格保密其信息。
四、针对系统性、普遍性“有法不依”问题的长效治理
立法完善与配套制度
及时修订滞后法律条款，制定实施细则和操作指南，减少执法自由裁量空间。例如，针对“网络暴力”治理，出台具体认定标准和处罚措施，避免执法标准不一。
执法能力培训与资源保障
定期组织执法人员培训，提升法律素养和业务能力；增加基层执法编制和经费投入，解决“人少事多、装备落后”问题。例如，公安部门为基层派出所配备新型执法记录仪，确保执法过程全程留痕。
法治宣传与公众参与
通过“法律六进”（进机关、乡村、社区、学校、企业、单位）和新媒体普法，增强公众法治意识；建立“立法联系点”“执法观察员”制度，邀请公众参与立法和执法监督。例如，司法局组织“模拟法庭”活动，让居民亲身体验司法程序。
总结：处理“有法不依、执法不严、违法不究”需构建“监督-问责-能力提升-公众参与”的全链条机制，既要严惩违法者，也要倒逼执法者履职，最终形成“不敢违、不能违、不想违”的法治环境。若您遇到具体案件或需进一步分析，可直接向我咨询。