代持股协议在法人离婚时，其效力及处理方式主要取决于代持股协议本身的合法性、夫妻财产约定以及离婚财产分割的具体情况。以下从不同角度进行分析：

1. 代持股协议的合法性基础
   代持股协议本身若符合《民法典》及《公司法》相关规定（如不存在恶意串通损害第三人利益、规避法律强制性规定等情形），通常会被认定为有效。此时，名义股东（法人）名下的股权虽登记在其名下，但实际权益归属实际出资人（隐名股东）。若离婚时涉及该股权分割，需先明确股权的权属状态。

2. 离婚时股权的权属认定

   • 若股权被认定为名义股东的个人财产：
     根据《民法典》第1063条，若名义股东能证明股权系其个人财产（如婚前取得、婚后明确约定归个人所有等），则离婚时另一方无权分割。但需注意，若代持股协议未公开，另一方可能主张股权为夫妻共同财产，此时名义股东需承担举证责任。
     
   • 若股权被认定为夫妻共同财产：
     若名义股东无法证明股权为其个人财产，或代持股协议未明确约定排除另一方权益，则股权可能被视为夫妻共同财产。此时，离婚时需对股权价值进行评估，并由双方协商分割或由法院判决分割（如一方取得股权并补偿另一方，或双方按比例持有股权）。

3. 实际出资人的权益保护

   • 代持股协议对内的效力：
     实际出资人与名义股东之间的代持股协议仅约束双方，对第三人不具有对抗效力。若离婚导致名义股东名下的股权被分割，实际出资人可依据代持股协议向名义股东主张违约责任或损害赔偿，但无法直接对抗名义股东的配偶。
     
   • 实际出资人显名化的条件：
     若实际出资人希望在离婚诉讼中直接主张股权权益，需满足《公司法司法解释（三）》第24条规定的条件（如其他股东过半数同意、实际出资事实明确等），否则可能面临诉讼风险。

4. 实务建议

   • 完善代持股协议：明确约定股权归属、离婚时的处理方式（如排除另一方权益、约定违约责任等），并由双方配偶签署知情同意书，以降低纠纷风险。
     
   • 保留出资证据：实际出资人应妥善保存出资凭证、代持股协议、股东会决议等证据，以证明其实际权益。
     
   • 及时主张权利：若离婚诉讼涉及股权分割，实际出资人可申请作为第三人参加诉讼，或另行起诉名义股东主张权益。

总结：代持股协议在法人离婚时的处理需结合协议效力、股权权属及离婚财产分割规则综合判断。建议双方在签订代持股协议时明确约定离婚时的处理方式，并保留相关证据，以降低纠纷风险。如有具体案件，可进一步向我咨询细节。