在《民事诉讼法》中，并没有直接规定“违反法定程序将关联费用拆分处理，剥夺申请人诉讼权利”的具体条款和项，但这一行为可能违反了民事诉讼法中关于诉讼权利保障和程序公正的相关原则。以下从几个角度进行分析：
一、诉讼权利保障原则
《民事诉讼法》的核心目的之一是保障当事人的诉讼权利，确保诉讼程序的公正性和效率性。如果法院在诉讼过程中违反法定程序，将关联费用拆分处理，导致申请人无法充分行使诉讼权利，如无法有效参与诉讼、无法充分陈述意见或提供证据等，那么这种行为就违背了诉讼权利保障的原则。虽然《民事诉讼法》没有直接规定此类行为的法律后果，但根据诉讼权利保障的原则，申请人有权要求法院纠正此类违法行为，并保障其诉讼权利的充分行使。
二、程序公正原则
程序公正是诉讼制度的基本原则之一，它要求诉讼程序必须公正、公开、透明，确保各方当事人都能在平等的条件下参与诉讼。如果法院在处理关联费用时违反法定程序，如未依法通知当事人、未给予当事人充分的陈述和申辩机会等，就可能导致程序不公正，进而影响诉讼结果的公正性。在这种情况下，申请人可以依据程序公正的原则，要求法院重新审查或撤销相关决定。
三、具体法律条款的适用
虽然《民事诉讼法》没有直接规定“违反法定程序将关联费用拆分处理，剥夺申请人诉讼权利”的具体条款，但可以根据相关法律原则和精神，结合具体案情，适用以下法律条款进行维权：
《民事诉讼法》第二条：该条规定了民事诉讼法的任务，包括保护当事人行使诉讼权利，保证人民法院查明事实，分清是非，正确适用法律，及时审理民事案件等。如果法院的行为违反了这些任务，申请人可以据此提出异议。
《民事诉讼法》关于审判程序的规定：如第一百一十九条（起诉条件）、第一百二十三条（起诉状要求）、第一百二十七条（对起诉的审查和处理）等，这些条款规定了起诉和受理的程序要求。如果法院在处理关联费用时违反了这些程序要求，申请人可以依据相关条款提出异议或申请再审。
《民事诉讼法》关于诉讼费用的规定：如第一百一十八条（诉讼费用的交纳）等，这些条款规定了诉讼费用的交纳标准和程序。如果法院在处理关联费用时违反了这些规定，如将本应一并处理的费用拆分处理，导致申请人承担不合理的费用负担，申请人可以据此提出异议或申请复核。
四、建议与措施
及时提出异议：如果申请人发现法院在处理关联费用时存在违反法定程序的行为，应及时向法院提出异议，要求法院纠正违法行为。
申请再审或复核：如果法院未采纳申请人的异议，申请人可以依据《民事诉讼法》的相关规定，申请再审或复核，以维护自己的合法权益。
寻求法律援助：在维权过程中，申请人可以寻求专业律师的法律援助，以确保自己的权益得到充分保障。
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