在复议过程中，申请人与第三人是可以达成协议的。这一结论主要基于以下几点法律背景和考虑：

1. 复议程序的性质与目的

行政复议作为一种行政救济制度，其核心目的在于通过上级行政机关对下级行政机关的具体行政行为进行审查，以纠正违法或不当的行政行为，保护公民、法人或其他组织的合法权益。在这一过程中，虽然主要审查的是行政行为的合法性与合理性，但并不排除当事人之间通过协商、和解等方式解决争议的可能性。

2. 协议达成的法律依据

• 《中华人民共和国行政复议法》及相关规定：虽然直接的法律条文可能并未明确提及申请人与第三人在复议过程中可以达成协议，但复议法的原则和精神，如保护当事人合法权益、促进争议解决等，为当事人之间的和解提供了法律基础。
• 和解与调解的原则：在行政复议中，虽然调解并非必经程序，但和解作为当事人自愿处分其权利的一种方式，是被允许的。申请人与第三人可以在不违反法律、法规的强制性规定，不损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益的前提下，通过协商达成协议。

3. 协议达成的实践意义

• 提高效率：通过协议解决争议，可以避免冗长的复议程序，节省时间和资源。
• 促进和谐：当事人之间的和解有助于缓解对立情绪，促进社会和谐稳定。
• 保障权益：对于申请人和第三人而言，通过协商达成的协议可能更能满足双方的实际需求，从而更有效地保障各自的合法权益。

4. 注意事项

• 协议内容的合法性：申请人与第三人达成的协议必须遵守法律、法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。
• 协议的履行：协议达成后，双方应严格按照协议内容履行各自的义务。如一方不履行协议，另一方可以依法寻求救济。
• 复议机关的审查：虽然复议机关主要审查的是行政行为的合法性与合理性，但对于申请人与第三人之间达成的协议，复议机关在必要时也可以进行审查，以确保其不违反法律、法规的强制性规定。

5. 实际操作建议

• 明确协议内容：在达成协议前，双方应充分沟通，明确各自的权利义务，确保协议内容具体、明确、可行。
• 书面形式：为了保障协议的严肃性和可执行性，建议双方以书面形式签订协议，并明确约定违约责任等条款。
• 咨询专业意见：在达成协议前，双方可以咨询专业律师或复议机关的意见，以确保协议的合法性和有效性。

总结来看，在复议过程中，申请人与第三人是可以达成协议的。但双方在达成协议时，应遵守法律、法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。