侵占初始股权后增资的处理需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若侵占行为已被司法认定构成侵占罪
   根据《刑法》第270条，侵占罪以“非法占有为目的，将代为保管的他人财物或他人遗忘物、埋藏物非法占为己有，数额较大且拒不退还”为构成要件。若初始股权已被法院判决认定属于侵占罪的犯罪对象（即被害人合法所有的股权），则增资行为需分两种情形处理：

   • 增资资金来源于犯罪所得：若增资资金是侵占人用侵占股权后变现的非法所得进行增资，根据《刑法》第64条，增资部分及对应股权应依法追缴，返还被害人或上缴国库。
     
   • 增资资金来源于合法财产：若增资资金是侵占人合法财产（如自有资金、借款等），增资行为本身不构成犯罪，但增资后被害人仍有权要求返还初始被侵占的股权及对应权益（如分红权、表决权等）。此时需通过民事诉讼（如股权返还之诉）或刑事附带民事诉讼主张权利，增资部分可能因股权比例稀释影响返还范围，但不影响侵占罪的定性。

2. 若侵占行为尚未被司法认定，但存在民事纠纷
   若初始股权的权属存在争议（如双方对股权归属有合同约定或实际出资争议），需先通过民事诉讼确认股权归属：

   • 股权归属被害人：若法院判决确认被害人对初始股权享有所有权，侵占人增资行为可能构成无权处分。根据《公司法》及司法解释，被害人可要求确认增资无效（如增资程序违法、未履行法定程序等），或要求侵占人赔偿增资导致的损失（如股权稀释损失）。
     
   • 股权归属侵占人：若法院判决确认侵占人对初始股权享有合法权利，则其增资行为合法有效，被害人无权主张返还或赔偿。但需注意，若侵占人通过欺诈、伪造文件等手段取得股权，可能涉及其他罪名（如诈骗罪、伪造公司印章罪），需另行追究刑事责任。

3. 增资程序合法性对处理的影响
   无论侵占行为是否构成犯罪，增资程序是否合法均影响最终处理结果：

   • 增资程序合法：若增资已履行公司章程规定的程序（如股东会决议、修改章程、工商变更登记等），且无其他违法情形，被害人仅能主张返还初始股权及对应权益，增资部分通常不受影响。
     
   • 增资程序违法：若增资未履行法定程序（如未通知其他股东、未评估资产等），被害人可依据《公司法》第22条主张增资决议无效或可撤销，进而要求恢复原股权比例或赔偿损失。

建议行动：

• 若您是被害人，应尽快收集股权权属证明（如出资协议、工商登记、股东名册等）及侵占证据（如转账记录、沟通记录等），向公安机关报案或直接提起民事诉讼。
  
• 若您是侵占方，建议立即停止增资行为，与被害人协商返还股权或赔偿损失，避免刑事风险升级。
  
• 具体操作需结合案件细节（如股权性质、增资方式、证据充分性等），建议直接向我咨询，我将结合实务经验为您制定方案。