结论：合同诈骗款项大部分用于公司生产经营，一部分被法院冻结还款，是否构成合同诈骗罪，需结合具体情形判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合同诈骗罪的构成要件
合同诈骗罪，是指以非法占有为目的，在签订、履行合同过程中，采取虚构事实或者隐瞒真相等欺骗手段，骗取对方当事人的财物，数额较大的行为。其构成要件包括：
主观方面：具有非法占有的目的。这是区分合同诈骗罪与民事欺诈的关键。如果行为人虽有欺骗行为，但目的是为了暂时占有、使用对方财物，意图日后归还，则不构成合同诈骗罪。
客观方面：在签订、履行合同过程中，实施了虚构事实、隐瞒真相等欺骗手段，且骗取的财物数额较大。
二、款项用途对定性的影响
大部分用于公司生产经营：
- 如果行为人将诈骗所得款项主要用于公司正常的生产经营活动，且没有逃避返还财物的行为，这可能表明其主观上并非以非法占有为目的，而是希望通过经营活动获取利润后归还。这种情况下，可能不构成合同诈骗罪，而更倾向于民事欺诈或合同违约。
- 然而，如果行为人明知公司经营状况恶化，无法通过正常经营归还财物，仍继续实施诈骗行为，并将款项用于高风险投资或挥霍，则可能构成合同诈骗罪。
一部分被法院冻结还款：
- 款项被法院冻结还款，说明存在债权债务关系，且法院已介入处理。这本身并不直接决定是否构成合同诈骗罪，但可以作为判断行为人主观意图和客观行为的参考因素。
- 如果行为人积极配合法院执行，有归还财物的意愿和行动，则可能减轻其非法占有的目的。反之，如果行为人逃避执行，拒不归还，则可能强化其非法占有的目的。
三、综合判断与法律建议
综合判断：
- 是否构成合同诈骗罪，需结合行为人的主观意图、客观行为、款项用途、还款能力等多方面因素进行综合判断。
- 不能仅凭款项用途或部分还款行为就断定是否构成犯罪。
法律建议：
- 如果您或您的公司涉及此类情况，建议立即咨询专业律师，进行详细的法律分析和风险评估。
- 律师将根据具体情况，为您提供法律意见和应对策略，包括但不限于与对方协商、准备应诉材料、申请取保候审等。
四、可能的法律后果
如果构成合同诈骗罪：
- 行为人可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、罚金等。
- 同时，还需承担民事赔偿责任，赔偿对方当事人的损失。
如果不构成合同诈骗罪：
- 行为人可能仅需承担民事责任，如继续履行合同、赔偿损失等。
- 但仍需注意，民事欺诈或合同违约也可能导致严重的法律后果，如信用受损、被列入失信被执行人名单等。
总结：合同诈骗款项大部分用于公司生产经营，一部分被法院冻结还款，是否构成合同诈骗罪，需结合具体情形判断。如果您或您的公司涉及此类情况，请直接向我咨询，我将为您提供专业的法律分析和应对策略。