交通综合执法部门在特定情况下确实有权扣留行驶证，这一权力主要基于相关运输管理法规及道路交通安全法律法规的授权。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与情形
《中华人民共和国道路运输条例》及相关运输管理法规：
- 当车辆从事道路运输经营活动但未持有有效的道路运输证，且当场无法提供其他合法经营证明时，交通综合执法部门（作为交通运输部门的一部分）可依法暂扣行驶证。
- 若车辆未取得相应许可擅自从事客运或货运经营活动，即非法营运行为，交通综合执法部门也有权扣留行驶证进行调查处理。
- 车辆违反客运和货运管理规定，如超载、超员、未按规定线路行驶等，同样是交通综合执法部门扣留行驶证的理由。
《中华人民共和国道路交通安全法》：
- 虽然该法主要赋予公安机关交通管理部门（如交警）在处理道路交通安全违法行为和交通事故时暂扣行驶证的权利，但交通综合执法部门在特定情境下（如涉及道路运输违法时），也可能依据相关法规或部门协作机制，参与行驶证的扣留工作。不过，直接依据通常还是来源于运输管理方面的法规。
- 具体来说，当车辆存在没有牌照、违法改装或驾驶报废车辆上路等严重违法行为时，若这些行为与道路运输管理紧密相关，交通综合执法部门在协同执法过程中，可能会依据相关法规扣留行驶证。但更常见的是，这类行为直接由交警部门处理。不过，为全面解答，此处提及以说明交通综合执法部门在更广泛交通管理中的潜在作用。
二、法律程序要求
交通综合执法部门在扣留行驶证时，必须严格遵守法定程序，以确保执法的合法性和公正性。具体要求包括：
- 出具执法文书：交通综合执法部门应制作并出具相关的执法文书，明确记录扣留行驶证的时间、地点、理由及依据等信息。
- 告知当事人权利：在扣留行驶证时，交通综合执法部门应告知当事人扣留的原因、依据以及其享有的申请行政复议或提起行政诉讼等救济权利。
- 及时处理：交通综合执法部门应在法定期限内对扣留的行驶证作出处理决定，如返还、吊销或其他行政处罚措施，并确保当事人的合法权益得到保障。
三、实际建议
- 配合执法：当事人在面对行驶证被扣留的情况时，应保持冷静并配合执法工作。
- 了解权利：当事人有权了解扣留行驶证的具体原因和依据，以及自己享有的救济权利。
- 寻求帮助：如对扣留行驶证的行为有异议，或需要进一步了解相关法律法规，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。
总结来说，交通综合执法部门在特定情况下确实有权扣留行驶证，但这一权力的行使必须严格遵循法定程序和法律规定。当事人在面对此类情况时，应了解自己的权利并寻求专业的法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。