当员工在同一个单位发生两次工伤时，赔偿问题确实需要细致且全面的处理。以下是对这一问题的详细解答：
一、核心法律依据
首先，我们需要明确的是，处理此类问题的核心法律依据是《工伤保险条例》（2010年修订）。该条例第十四条明确了工伤的认定范围，第三十条至第四十五条则详细规定了医疗待遇、伤残补助等标准。此外，地方实施细则（如广东省工伤保险条例）也可能包含特殊情形下的补充规定，需要一并考虑。
二、赔偿处理流程
1. 工伤认定阶段
- 分别申请认定：每次工伤都需要单独进行工伤认定申请。申请时，需要准备医疗诊断证明、事故见证人笔录、工作记录等相关材料。
- 时限注意：自事故发生之日起1年内提出工伤认定申请，这是法定的时限要求。
- 因果关系判定：如果后次伤害与前次存在关联（如旧伤复发），可能需要进行合并处理，并由专业机构进行损伤参与度鉴定。
2. 劳动能力鉴定阶段
- 分级评定：每次工伤都需要对应进行独立的劳动能力鉴定，以确定伤残等级。
- 特殊情形处理：如果员工存在多处伤残，需要按照晋级原则确定最终等级。例如，如果双眼受伤导致不同等级伤残，可能会取较高等级并上浮一级。
3. 赔偿计算阶段
- 医疗费用：按实际支出报销，包括康复费用。需要区分新旧伤治疗费用的关联性，确保报销的合理性。
- 停工留薪期工资：分别计算每次工伤的医疗期和工资待遇，标准为员工原工资福利待遇不变。
- 伤残补助金：根据最新伤残等级计算一次性补助金。例如，七级至十级伤残可获得7-27个月工资的补偿。
- 就业补助金：在员工解除劳动关系时支付。具体标准因地区而异，如广东标准为25-15个月工资（以统筹地区上年度职工月平均工资为基数）。
三、特殊注意事项
- 单位责任强化：如果单位未依法为员工参保，需要全额承担赔偿责任，包括医疗费、护理费、伤残津贴等全部法定项目。
- 民事索赔路径：如果存在第三方侵权的情况，员工可以主张双重赔偿。但需要注意的是，医疗费等直接损失不得重复受偿。
- 程序衔接要点：劳动仲裁时效为1年，员工需要在规定时间内提出仲裁申请。同时，员工可以同时主张工伤赔偿与人身损害赔偿。
四、举例说明
假设某员工在同一个工厂先后遭遇两次工伤，第一次被鉴定为十级伤残，第二次被鉴定为九级伤残。且所在地区规定一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金按照“就高不就低”原则处理。那么：
- 该员工可获得两次一次性伤残补助金，分别为7个月和9个月的本人工资。
- 当该员工与工厂解除劳动关系时，按照九级伤残的标准支付一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金，不再支付十级伤残对应的该项赔偿。
综上所述，对于在同一个单位发生两次工伤的赔偿问题，需要严格按照法律程序进行工伤认定和劳动能力鉴定，并根据伤残等级和地区规定确定具体的赔偿项目和标准。在实际操作中，建议咨询当地的社会保险行政部门或专业律师以获取准确信息。