结论：非法经营判三缓五的档案，一般情况下不会自动封存，但符合特定条件时，可以依法申请封存。
一、档案封存的一般规定
在我国法律体系中，档案封存并非一个普遍适用的制度，而是针对特定情况、特定人群的一种特殊处理方式。通常，档案封存与未成年人的犯罪记录处理、特定职业（如律师、公务员等）的资格审查等密切相关。对于非法经营判三缓五的案件，其档案是否封存，并不直接由判决结果决定，而是需要依据相关法律法规及具体政策来判断。
二、非法经营罪与档案封存的关系
非法经营罪是一种经济犯罪，其判决结果主要关注的是犯罪行为的性质、情节以及犯罪人的社会危害性。在判决时，法院会综合考虑各种因素，包括犯罪人的认罪态度、悔罪表现、退赃情况等，来决定是否给予缓刑等从宽处理。然而，这些判决结果并不直接决定档案是否封存。
三、档案封存的特定条件
尽管非法经营罪的判决结果不直接决定档案封存，但犯罪人仍有可能在符合特定条件时申请档案封存。这些条件通常包括：
未成年人犯罪：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。这是针对未成年人犯罪的一种特殊保护措施，旨在保护未成年人的隐私和未来发展。
特定政策或地方规定：除了未成年人犯罪外，某些地区或行业可能根据特定政策或地方规定，对符合一定条件的犯罪记录进行封存。这些政策或规定可能涉及犯罪类型、判决结果、犯罪人表现等多个方面。
四、非法经营判三缓五档案封存的建议
对于非法经营判三缓五的犯罪人来说，如果希望申请档案封存，可以采取以下措施：
了解相关法律法规：首先，需要了解我国关于档案封存的法律法规及政策规定，特别是与未成年人犯罪记录封存相关的条款。
咨询专业律师：由于档案封存涉及复杂的法律程序和条件判断，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见和指导。
准备相关材料：根据法律法规及政策规定，准备相关的申请材料，如身份证明、判决书、悔罪表现证明等。
提交申请并等待审核：将申请材料提交给相关部门（如法院、公安机关等），并等待其审核决定。
最后，非法经营判三缓五的档案一般不会自动封存，但符合特定条件时可以依法申请封存。如果您或您身边的人遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。