在管辖权异议上诉中，否认协议管辖的理由主要可以从以下几个方面进行阐述：
协议管辖法院与争议无实际联系
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条，协议管辖的法院必须与争议有实际联系。若约定的管辖法院与案件争议无任何实际联系，如双方约定由一个与合同履行、签订、标的物所在地等均无关的法院管辖，则该协议管辖条款可能因违反法律规定而无效。
- 举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定由位于丙地的法院管辖，但丙地既非合同签订地、履行地，也非双方住所地或标的物所在地，且与合同争议无其他实际联系，则该约定可能被认定为无效。
格式合同中管辖条款未尽合理提示义务
- 法律依据：在格式合同中，若提供格式条款的一方未采取合理方式提示对方注意管辖条款，或者未按照对方的要求对该条款予以说明，导致对方在签订合同时未能充分了解管辖条款的内容，则该管辖条款可能因未尽合理提示义务而无效。
- 举例说明：如某电商平台在用户注册时，将管辖条款隐藏在冗长的用户协议中，且未以显著方式提示用户注意，用户在签订合同时未能充分了解该条款，则该管辖条款可能因未尽合理提示义务而被认定为无效。
协议管辖违反级别管辖或专属管辖规定
- 法律依据：协议管辖不得违反级别管辖和专属管辖的规定。若协议管辖的法院违反了级别管辖或专属管辖的规定，如将应由基层法院管辖的案件约定由中级法院管辖，或者将应由不动产所在地法院专属管辖的不动产纠纷约定由其他法院管辖，则该协议管辖条款无效。
- 举例说明：假设甲乙双方因不动产纠纷发生争议，约定由甲地法院管辖，但该不动产位于乙地，根据专属管辖的规定，该案件应由乙地法院专属管辖，因此甲乙双方的约定因违反专属管辖规定而无效。
协议管辖条款存在欺诈、胁迫等情形
- 法律依据：若协议管辖条款是在一方欺诈、胁迫或者乘人之危的情况下订立的，受损方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该条款。
- 举例说明：如甲方利用乙方对法律知识的缺乏，故意隐瞒真实情况或提供虚假信息，诱使乙方签订对其不利的管辖条款，或者甲方以暴力、威胁等手段强迫乙方签订管辖条款，则乙方有权请求撤销该条款。
在撰写管辖权异议上诉理由时，还需注意以下几点：
- 法律依据精准化：需完整引用《民事诉讼法》具体条款，并参照最新司法解释，确保上诉理由的合法性。
- 事实论证体系化：采用“管辖约定内容→实际履行情况→法律规定对照”的三段论结构，清晰阐述否认协议管辖的理由。
- 证据材料组织规范：附具合同文本复印件、工商登记信息、物流单据等关键证据，重点标注与管辖相关的条款页码及内容，以支持上诉理由。
- 程序瑕疵指证：若原审法院在管辖权审查过程中存在程序瑕疵，如未依法送达、超期作出裁定等，也可作为上诉理由之一。
若你对管辖权异议上诉或否认协议管辖的具体操作有进一步疑问，可以直接向我咨询。我将结合你的具体情况，为你提供更详细的法律建议。