结论：入职前合同中规定“未做满半年扣款1000元”的条款，一般是不合法的，公司以此为由扣除你1000元工资的行为，很可能侵犯了你的合法权益。
分析说明：
从劳动合同法的角度来看：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者订立的劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。劳动合同中不得设定违反法律、行政法规强制性规定的条款。
- 工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得随意克扣。合同中“未做满半年扣款1000元”的条款，实际上是对劳动者工资的一种不合理限制，可能违反了劳动合同法的公平原则和工资支付规定。
从工资支付的角度来看：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法规，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。除非劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失，且用人单位按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，否则用人单位不得随意克扣劳动者工资。
- 在你的情况下，并未提及你因个人原因给公司造成经济损失，因此公司以此为由扣除你工资的行为，缺乏法律依据。
从合同条款的合理性来看：
- 即使合同中有这样的条款，也需要考虑其合理性。如果该条款明显对劳动者不利，且没有合理的解释或依据，那么该条款很可能被认定为无效或可撤销。
- 在实践中，类似“未做满一定期限扣款”的条款，往往因为违反公平原则和工资支付规定而被认定为无效。
行动建议：
- 与公司协商：首先，你可以尝试与公司进行协商，说明该条款的不合法性和不合理性，要求公司退还被扣除的1000元工资。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。
- 申请劳动仲裁：如果投诉仍未解决问题，你还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
后续思考：
- 在签订劳动合同时，一定要仔细阅读合同条款，特别是关于工资、福利、工作时间、休息休假等方面的条款，确保自己的合法权益得到保障。
- 如果遇到类似的不合法或不合理条款，不要轻易签字确认，而是应该与公司进行协商或寻求法律帮助。
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