结论前置：要保证阴阳合同按实际合同执行，关键在于合同条款设计、证据留存以及风险防控措施的完善。以下从法律实务角度，分情况说明具体操作要点：

1. 合同条款设计：明确“阴阳”关系与执行优先级

• 条款表述：在“阳合同”（备案/公示合同）中，可通过“特别约定条款”或“补充协议”明确其仅为形式文件，实际权利义务以“阴合同”（实际履行合同）为准。例如：“本合同仅为备案用途，双方实际履行以《XX补充协议》为准，该协议与本合同不一致的，以补充协议为准。”
• 风险提示：若“阳合同”未明确排除其效力，可能被认定为双方真实意思表示，导致“阴合同”被否定。因此，条款设计需直接、无歧义，避免使用“参考”“参照”等模糊表述。

2. 证据留存：固定实际履行事实

• 履行证据：保留与“阴合同”一致的履行记录，如：
  • 付款凭证（备注用途与“阴合同”一致）；
  • 交付单据（如货物签收单、服务确认单）；
  • 沟通记录（邮件、微信等，明确提及按“阴合同”执行）；
  • 第三方证据（如物流记录、证人证言）。
• 反例警示：若仅依赖口头约定，一旦发生纠纷，对方可能主张按“阳合同”履行，此时缺乏书面证据的一方将承担举证不能的风险。

3. 风险防控：避免“阴阳合同”被认定无效

• 合法性审查：确保“阴合同”内容不违反法律强制性规定（如逃税、规避招投标等）。若“阴阳合同”目的违法，则两者均可能被认定无效，此时需通过其他方式（如重新协商）解决争议。
• 备案合同调整：若“阳合同”已备案且无法修改，可通过签订《变更协议》明确实际履行标准，并同步调整备案信息（如可能）。

4. 纠纷应对：提前规划救济路径

• 协商优先：在合同中约定争议解决方式（如仲裁或诉讼），并明确“阴合同”为争议解决依据。
• 诉讼策略：若发生纠纷，需同时提交“阴阳合同”及履行证据，主张“阳合同”非真实意思表示，并依据《民法典》第146条（虚假意思表示）主张按“阴合同”履行。

总结建议：阴阳合同的风险较高，建议优先通过合法方式调整合同内容（如签订补充协议），避免使用“阴阳合同”结构。若已签订，务必严格按“阴合同”履行并留存证据，同时定期审查合同合法性。如有具体案件，可直接向我咨询，我将结合合同条款与履行情况提供针对性方案。