在阴阳合同纠纷中，如果阴合同已实际履行，且阴阳合同均被主张为有效，法院的判决会依据具体情况进行综合分析。以下是我根据相关法律法规和司法实践，给出的详细解答：
核心结论
法院在判决阴阳合同纠纷时，会综合考虑合同的签订背景、双方的真实意思表示、合同履行情况以及是否存在损害国家、集体或第三人利益等因素。如果阴合同体现了双方的真实意思表示，且不存在其他无效情形，法院可能会认定阴合同有效，并据此确定双方的权利义务。
具体分析
阴阳合同的性质：
- 阴阳合同是指合同当事人就同一事项订立两份以上内容不相同的合同，其中一份对外（阳合同），通常用于备案、登记等，并非双方真实意思表示；另一份对内（阴合同），则是双方真实意思表示，实际履行。
合同效力的判断：
- 阳合同：由于阳合同通常并非双方真实意思表示，且可能存在违反法律法规强制性规定（如逃税）的情形，因此法院可能会认定阳合同无效。
- 阴合同：如果阴合同体现了双方的真实意思表示，且不存在《民法典》规定的合同无效情形（如欺诈、胁迫、损害国家利益等），法院可能会认定阴合同有效。
法院判决的考量因素：
- 法院在判决时会综合考虑合同签订的背景、双方的真实意图、合同履行情况、是否存在违法行为以及是否损害他人利益等因素。
- 如果阴合同已实际履行，且双方均无异议，法院可能会更倾向于认定阴合同的有效性。
法律后果：
- 如果法院认定阴合同有效，双方应按照阴合同的内容履行各自的权利和义务。
- 如果一方以阳合同抗辩，法院会审查其抗辩理由的合理性，并结合案件具体情况作出判决。
示例说明
假设在房屋买卖中，买卖双方签订了阴阳合同，阳合同价格较低用于备案，阴合同价格较高为实际成交价。如果买方按阴合同价格支付了房款，卖方却以阳合同价格主张房款，法院在审理时可能会考虑以下因素：
- 双方签订阴阳合同的背景和目的；
- 买方实际支付的房款金额；
- 卖方是否存在利用阴阳合同逃避税收等违法行为；
- 双方的真实意思表示和合同履行情况。
综合以上因素，法院可能会认定阴合同有效，并判决卖方按阴合同价格履行交房义务。
法律建议
在签订合同时，建议双方遵循诚实信用原则，避免签订阴阳合同以规避法律风险。如果已签订阴阳合同并引发纠纷，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的诉讼策略。