核心结论：儿子代父亲签协议是否有效及多年后能否反悔，需分情况讨论，关键看儿子是否有合法代理权及协议内容是否合法合规。

1. 若儿子有父亲的合法授权（如书面委托书、口头授权且事后追认等），则代签协议有效，多年后一般不能反悔。

   • 根据《民法典》第一百六十一条，民事主体可以通过代理人实施民事法律行为。若父亲明确授权儿子代为签署协议，儿子在授权范围内签署的协议对父亲具有法律约束力。
   • 例如，父亲因身体原因无法亲自签署购房合同，出具书面委托书授权儿子代签，儿子在委托范围内签署的合同有效，父亲事后不能以“未亲自签署”为由反悔。
   • 即使授权是口头的，若父亲事后以实际行动（如履行协议义务、接受协议利益等）追认了儿子的代签行为，协议同样有效。

2. 若儿子无合法授权（如未经父亲同意擅自代签、超越授权范围代签等），则代签协议可能无效或效力待定，多年后能否反悔需看具体情况。

   • 无效情形：若儿子完全未经父亲同意，擅自以父亲名义签署协议，且父亲事后拒绝追认，则协议对父亲不发生效力。例如，儿子未经父亲同意，擅自将父亲名下房屋出售并签署买卖合同，父亲事后发现并拒绝承认，该合同无效。
   • 效力待定情形：若儿子代签时虽无明确授权，但父亲事后部分追认（如同意履行部分义务），则协议可能部分有效；若父亲完全未追认，则协议无效。此外，若相对方（如协议另一方）有理由相信儿子有代理权（如儿子长期代父亲处理事务、持有父亲印章等），可能构成“表见代理”，协议仍对父亲有效。
   • 多年后反悔的可行性：若协议无效或被撤销，父亲可主张返还财产、赔偿损失等；但若协议有效，父亲一般不能仅以“多年后反悔”为由要求解除或变更协议，除非存在法定解除事由（如重大误解、欺诈、胁迫等）。

3. 协议内容合法合规是前提，否则即使有授权也可能无效。

   • 无论儿子是否有授权，若协议内容违反法律、行政法规的强制性规定（如买卖毒品、赌博等），或违背公序良俗（如“包养协议”等），则协议自始无效，不受时间限制。
   • 例如，儿子代父亲签署一份“高利贷协议”，约定利息超过法定上限，该协议因违法而无效，父亲无需履行。

建议：若涉及代签协议问题，建议先核实儿子是否有合法授权、协议内容是否合法，再根据具体情况主张权利。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情提供详细解答。