税务稽查中合同扫描件在符合一定条件下是有效的，但需结合具体情况判断其证明力。以下从不同角度进行分析：

1. 法律对证据形式的要求
   根据《税收征收管理法》及《行政诉讼证据规定》，税务稽查中证据形式包括书证、物证、视听资料、电子数据等。合同扫描件属于电子数据或视听资料范畴，若能证明其与原件一致且未被篡改，可作为有效证据使用。例如：

   • 扫描件清晰完整，能直接反映合同内容；
   • 通过技术手段（如区块链存证、公证）证明其真实性；
   • 对方认可扫描件内容或无法提供反证。

2. 实务中扫描件的效力风险

   • 真实性争议：若对方质疑扫描件被修改（如篡改金额、条款），需提供原始载体（如合同原件）或通过司法鉴定证明其未被篡改，否则可能被认定为无效证据。
   • 举证责任：根据《民事诉讼法》，主张合同存在的一方需承担举证责任。若仅提供扫描件且对方否认，可能因证据不足而败诉。
   • 税务稽查的特殊性：税务机关在稽查中可能要求企业提供合同原件进行核对，若无法提供，可能影响对业务真实性的认定，进而引发补税、罚款等风险。

3. 提升扫描件效力的建议

   • 提前固定证据：在签订合同时，可要求双方在扫描件上加盖电子签章或通过第三方平台（如电子合同平台）签署，确保其法律效力。
   • 备份原始载体：保留合同原件或存储在安全介质（如加密硬盘）中，以备税务机关核查。
   • 公证或见证：对重要合同扫描件进行公证或由第三方机构见证，增强其证明力。

总结：合同扫描件在税务稽查中并非绝对无效，但其效力取决于真实性、完整性及能否与其他证据形成链条。建议企业规范合同管理，必要时通过技术手段或法律程序固定证据，以降低税务风险。如有具体案件或合同类型需进一步分析，可直接向我咨询。