在侵犯公民个人信息罪中，对于合法经营获利5万的认定，一般不需要扣除成本。以下是对此问题的详细分析：

一、法律原则与规定

在刑事法律中，对于犯罪所得的认定，通常遵循的是“全额认定”原则，即不论犯罪成本高低，均以犯罪行为所获得的全部收入作为犯罪所得进行认定。这一原则在侵犯公民个人信息罪中同样适用。根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，侵犯公民个人信息罪的定罪量刑主要依据的是非法获取、出售或者提供公民个人信息的数量、情节以及造成的后果等因素，而并未明确规定需要扣除犯罪成本。

二、犯罪所得与犯罪成本的区分

犯罪所得是指犯罪行为人通过犯罪行为所获得的全部财物或利益，它反映了犯罪行为的危害性和犯罪行为人的非法获利情况。而犯罪成本则是犯罪行为人为实施犯罪行为所投入的各种费用，如购买犯罪工具、支付犯罪活动费用等。在刑事法律中，犯罪成本通常不被视为犯罪所得的一部分，也不在定罪量刑时予以扣除。

三、司法实践中的处理

在司法实践中，对于侵犯公民个人信息罪的犯罪所得认定，法院通常会根据案件的具体情况，如非法获取、出售或者提供公民个人信息的数量、情节、造成的后果以及犯罪行为人的主观恶性等因素进行综合判断。在认定犯罪所得时，法院会遵循“全额认定”原则，将犯罪行为人通过犯罪行为所获得的全部收入作为犯罪所得进行认定，而不会扣除犯罪成本。

四、特殊情况下的考虑

虽然一般情况下不需要扣除成本，但在某些特殊情况下，如犯罪行为人能够证明其部分收入并非来自犯罪行为，或者存在其他合法来源的收入时，法院可能会在认定犯罪所得时予以考虑。然而，这种情况下的认定需要严格的证据支持，并且需要法院根据案件的具体情况进行综合判断。

总结与建议：

在侵犯公民个人信息罪中，对于合法经营获利5万的认定，一般不需要扣除成本。法院在认定犯罪所得时，会遵循“全额认定”原则，将犯罪行为人通过犯罪行为所获得的全部收入作为犯罪所得进行认定。如果您或您身边的人涉及此类案件，建议及时向我咨询，以便更准确地了解案件情况并制定合适的法律策略。