结论前置：公司申请破产并注册新公司后，原公司劳动关系的处理需根据具体情况判断，主要分为以下两种情形：
- 若新公司承接原公司业务及员工，劳动关系可依法转移
根据《劳动合同法》第三十四条，用人单位发生合并或分立等情况，原劳动合同继续有效，由承继其权利义务的用人单位继续履行。若新公司承接原公司业务并明确表示愿意继续雇佣原员工，则原劳动合同自动延续至新公司，员工工龄连续计算，薪酬、岗位等条件原则上不得降低。此时需注意：
- 程序合法性：需通过书面协议（如三方协议）明确原公司、新公司及员工三方权利义务，避免因程序瑕疵导致劳动关系认定争议；
- 员工同意权：若新公司拟调整原劳动合同内容（如岗位、薪资），需与员工协商一致并签订书面变更协议，否则员工有权拒绝并主张原合同权益。
- 若新公司未承接原公司业务或员工，原公司需依法终止劳动关系并支付补偿
若原公司因破产清算终止与员工的劳动关系，需按《劳动合同法》第四十四条、第四十六条、第四十七条履行以下义务：
- 提前通知义务：原公司需提前30日以书面形式通知员工，或额外支付1个月工资（代通知金）；
- 经济补偿支付：根据员工工作年限，按每满1年支付1个月工资的标准支付经济补偿（6个月以上不满1年按1年计算，不满6个月支付半个月工资）；
- 特殊情形处理：若原公司破产因经营不善导致，且未依法为员工缴纳社保、拖欠工资等，员工还可依据《企业破产法》第一百一十三条主张优先受偿权（工资、医疗/伤残补助/抚恤费用、社保费用及补偿金优先于普通债权受偿）。
补充说明：若原公司未依法处理劳动关系（如未支付补偿、未办理社保转移等），员工可通过以下途径维权：
- 向劳动监察部门投诉（时效2年内）；
- 申请劳动仲裁（时效1年内），主张经济补偿、未签合同双倍工资等权益；
- 若原公司已进入破产程序，员工需在破产管理人公告的债权申报期限内申报债权，否则可能丧失受偿权。
如有具体细节需进一步分析（如新公司承接比例、员工是否签署同意书等），可直接向我咨询。