结论：合同中约定“不能按时支付的每天承担到期应付金额的5%作为违约金”这一条款，其是否符合法律规定，需结合具体情况判断，若该违约金约定过高，超出实际损失的30%，则可能因违反法律规定而被调整。以下从多个角度进行分析：
一、违约金约定的合法性基础
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条：“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。”
这一条款明确了违约金约定的合法性，并赋予了法院或仲裁机构在违约金过高或过低时的调整权。因此，合同中约定违约金本身是合法的，但具体数额需符合法律规定。
二、违约金过高的认定标准
实际损失为基准：违约金的数额应当以违约造成的实际损失为基准。如果约定的违约金远高于实际损失，则可能被认定为过高。
30%的参考标准：在司法实践中，通常认为，如果约定的违约金超过实际损失的30%，则可能构成“过分高于造成的损失”，法院或仲裁机构有权根据当事人的请求进行适当减少。
三、具体案例分析
假设合同中约定的到期应付金额为100万元，若按照每天5%计算违约金，则每天的违约金为5万元。若违约持续一个月（30天），则违约金总额将达到150万元，这显然远超过了实际损失（假设实际损失为10万元）。在此情况下，该违约金约定很可能被认定为过高，法院或仲裁机构可能会根据当事人的请求进行适当减少。
四、法律建议
合理约定违约金：在签订合同时，双方应合理约定违约金数额，避免过高或过低。过高可能导致被调整，过低则可能无法充分保障守约方的利益。
保留证据：在违约发生时，守约方应保留好相关证据，如合同、付款记录、损失证明等，以便在需要时向法院或仲裁机构主张自己的权益。
及时寻求法律帮助：若因违约金问题产生纠纷，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并寻求合适的解决方案。
综上所述，合同中约定“不能按时支付的每天承担到期应付金额的5%作为违约金”这一条款，其合法性需结合具体情况判断。若该违约金约定过高，超出实际损失的30%，则可能因违反法律规定而被调整。因此，在签订合同时，双方应合理约定违约金数额，并在违约发生时及时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。