当行政机关的行为违法并给原告造成损失时，赔偿款的计算是一个涉及多个法律要点和具体案件情况的过程。以下是对此问题的详细解答：
一、赔偿范围与基本原则
赔偿范围通常包括直接损失和某些间接损失，旨在弥补原告因行政机关违法行为所遭受的全部实际损失。赔偿标准以实际损失为基础，并遵循市场价格原则，即按照损失发生时的市场价格或相关法律规定进行计算。
二、具体赔偿项目与计算方法
人身自由损害赔偿：
- 若侵犯公民人身自由，每日赔偿金将按照国家上年度职工日平均工资来计算。这里的“上年度”指的是赔偿义务机关作出赔偿决定时的上一年度。
生命健康权损害赔偿：
- 身体伤害：需支付医疗费、护理费以及因误工减少的收入。减少的收入部分，按国家上年度职工日平均工资计算，且最高额不超过国家上年度职工年平均工资的五倍。
- 部分或全部丧失劳动能力：除医疗费用外，还需支付残疾生活辅助具费、康复费等，以及残疾赔偿金。残疾赔偿金的数额根据丧失劳动能力的程度来确定，部分丧失的最高额为国家上年度职工年平均工资的十倍，全部丧失的则为二十倍。若原告扶养有无劳动能力者，还需支付相应的生活费。
- 死亡：需支付死亡赔偿金和丧葬费，总额为国家上年度职工年平均工资的二十倍。对死者生前扶养的无劳动能力者，同样需支付生活费。
财产损害赔偿：
- 罚款、罚金等：应返还财产。
- 查封、扣押、冻结财产：需解除查封、扣押、冻结，并赔偿因损坏或灭失造成的损失。若财产无法恢复原状，则按相应价值进行赔偿。
- 财产拍卖或变卖：应给付拍卖或变卖所得价款。若价款低于财产价值，需支付差额赔偿金。
- 吊销许可证、责令停产停业：需赔偿停产停业期间的必要经常性费用，如留守职工工资、税费、水电费等。对于因停产停业造成的可预期利润损失，也可能在特定情况下予以考虑。
三、特殊考虑因素
- 精神损害抚慰金：在行政行为导致严重精神损害的情况下，可能支付额外的精神损害抚慰金。具体数额将综合考虑多种因素，如损害程度、影响范围等。
- 赔偿时效：请求国家赔偿的时效为两年，自行政行为被依法确认为违法之日起计算。因此，原告需及时主张自己的赔偿权利。
四、赔偿程序与建议
- 提出赔偿申请：原告应向赔偿义务机关递交赔偿申请书，明确基本情况、具体要求、事实根据和理由等。
- 赔偿义务机关处理：赔偿义务机关应在规定时间内作出是否赔偿的决定，并与原告协商赔偿方式、项目和数额。
- 复议或诉讼：若原告对赔偿决定有异议，可在法定期限内向人民法院提起诉讼或先向上一级行政机关申请复议。
- 执行程序：赔偿决定生效后，原告可申请强制执行以确保赔偿款的支付。
建议：由于行政行为违法的赔偿问题涉及多个法律知识点和具体的案件情况，因此在实际操作中，建议原告咨询专业律师以获取准确、合法的赔偿建议。律师将能够结合案件的具体事实、证据以及法律程序进行综合判断，从而确保原告的权益得到充分保护。