在民事诉讼中，司法鉴定依法应由人民法院指定。以下是关于这一问题的详细分析：
一、指定主体
在民事诉讼中，当需要对专门性问题进行鉴定时，人民法院是负责指定鉴定机构的主体。这一规定确保了鉴定的公正性和权威性，避免了因鉴定机构选择不当而产生的争议。
二、指定程序
当事人申请：当事人在诉讼过程中，如果需要对专门性问题进行鉴定，可以向人民法院提出书面申请。申请书应当载明需要鉴定的事项、鉴定目的和要求等内容。
法院审查：人民法院会对当事人的鉴定申请进行审查，主要审查申请鉴定的事项是否与案件事实有关、是否属于专门性问题以及是否需要通过鉴定才能查明等。
指定鉴定机构：
签订委托书：人民法院会与选定的鉴定机构签订委托书，明确鉴定的范围、要求、期限等事项，以确保鉴定工作的顺利进行。
三、特殊情况下的处理
自行委托与重新鉴定：在某些情况下，当事人可能自行委托了鉴定机构进行鉴定。然而，如果对方当事人对该鉴定意见有异议并申请重新鉴定的，人民法院会根据具体情况决定是否准许。如果准许重新鉴定，通常会通过摇号等方式从名册中选择新的鉴定机构，以确保鉴定的公正性。
补充鉴定与重新质证：对于鉴定意见不明确或有遗漏的情况，人民法院可以要求鉴定人进行补充鉴定。同时，如果鉴定意见被采信后，一方当事人又提出异议并提供相反证据足以反驳的，人民法院可能会要求鉴定人就相关问题进行说明或启动重新质证程序，以确保案件事实的准确查明。
四、法律依据
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，人民法院在民事诉讼中负责指定鉴定机构，并确保鉴定工作的公正、准确进行。这一规定为民事诉讼中的司法鉴定提供了明确的法律依据和操作指南。
总结与建议：
在民事诉讼中，司法鉴定的指定是一个严谨而重要的环节。人民法院作为指定主体，会遵循一定的程序和规则来确保鉴定的公正性和权威性。如果您在民事诉讼中遇到需要司法鉴定的情况，建议您及时向人民法院提出申请，并积极配合法院的指定工作。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。